Prezados gostaria de saber se tem um pacote no R para trabalhos com analise de sobrevivencia, e como faço para acessa-lo.Obrigada TalitaEm 21 de fevereiro de 2014 12:00, <r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:Enviar submissões para a lista de discussão R-br para
r-br@listas.c3sl.ufpr.br
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1. Rpresentation (Ari Clecius)
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7. Re: gpData (André Figueiras Rutz)
8. Re: gpData (Giselle Davi)
9. Re: gpData (André Figueiras Rutz)
10. Re: gpData (Éder Comunello)
----------------------------------------------------------------------
Message: 1
Date: Thu, 20 Feb 2014 08:05:17 -0800 (PST)
From: Ari Clecius <ari072000@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] Rpresentation
Message-ID:
<1392912317.58063.YahooMailNeo@web124501.mail.ne1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver?
Att,
Ari Clecius Alves de Lima
Engenheiro Químico
Me. Engenharia Civil
(085)88412345
(085)33669042
Biogás
========================================================
author: Ari Clecius Alves de Lima
date: 19/02/2014
Definição de Biogás
========================================================
Biogás ...
- Bullet 1
- Bullet 2
- Bullet 3
Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido
========================================================
```{r}
summary(cars)
```
Slide With Plot
========================================================
```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```
-------------- Próxima Parte ----------
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------------------------------
Message: 2
Date: Thu, 20 Feb 2014 14:25:57 -0300
From: Fernando Souza <nandodesouza@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Ari Clecius <ari072000@yahoo.com.br>
Subject: Re: [R-br] Rpresentation
Message-ID: <53063AA5.5070405@gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"; Format="flowed"
Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
att
Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R
> presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem
> desconfiguradas, alguém saberia resolver?
>
> Att,
> Ari Clecius Alves de Lima
> Engenheiro Químico
> Me. Engenharia Civil
> (085)88412345
> (085)33669042
>
>
> */Biogás/*
> */========================================================/*
> */author: Ari Clecius Alves de Lima/*
> */date: 19/02/2014/*
> */
> /*
> */
> /*
> */Definição de Biogás/*
> */========================================================/*
> */
> /*
> */
> /*
> */
> /*
> */Biogás .../*
> */
> /*
> */
> /*
> */- Bullet 1/*
> */- Bullet 2/*
> */- Bullet 3/*
> */
> /*
> */Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido/*
> */========================================================/*
> */
> /*
> */```{r}/*
> */summary(cars)/*
> */
> /*
> */```/*
> */
> /*
> */Slide With Plot/*
> */========================================================/*
> */
> /*
> */```{r, echo=FALSE}/*
> */plot(cars)/*
> *//*
> */```/*
>
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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Message: 3
Date: Thu, 20 Feb 2014 14:42:35 -0300
From: Bruno Barros <brunosoab@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] Rpresentation
Message-ID:
<CAD5Js7hugp9+iPrJHzuWXaLKhVBObdQODSJ9RHNLbHbsDxLaQQ@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Pode tentar também usar:
source("file.r", encoding="utf-8")
abs,
Bruno Barros
@brunosoab
Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza
<nandodesouza@gmail.com>escreveu:
> Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
> att
>
> Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
>
> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations,
> mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas,
> alguém saberia resolver?
>
> Att,
>
> Ari Clecius Alves de Lima
> Engenheiro Químico
> Me. Engenharia Civil
> (085)88412345
> (085)33669042
>
>
> *Biogás*
> *========================================================*
> *author: Ari Clecius Alves de Lima*
> *date: 19/02/2014*
>
>
> *Definição de Biogás*
> *========================================================*
>
>
>
> *Biogás ...*
>
>
> *- Bullet 1*
> *- Bullet 2*
> *- Bullet 3*
>
> *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido*
> *========================================================*
>
> *```{r}*
> *summary(cars)*
>
> *```*
>
> *Slide With Plot*
> *========================================================*
>
> *```{r, echo=FALSE}*
> *plot(cars)*
> *```*
>
>
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>
>
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> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
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Message: 4
Date: Thu, 20 Feb 2014 09:57:57 -0800 (PST)
From: Ari Clecius <ari072000@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Rpresentation
Message-ID:
<1392919077.12594.YahooMailNeo@web124504.mail.ne1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Ok obrigado deu certo.
Att,
Ari Clecius Alves de Lima
Engenheiro Químico
Me. Engenharia Civil
(085)88412345
(085)33669042
Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 14:42, Bruno Barros <brunosoab@gmail.com> escreveu:
Pode tentar também usar:
source("file.r",encoding="utf-8")
abs,
Bruno Barros
@brunosoab
Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza@gmail.com> escreveu:
Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding, e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
>att
>
>
>Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
>
>Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem desconfiguradas, alguém saberia resolver?
>>
>>
>>Att,
>>
>>Ari Clecius Alves de Lima
>>Engenheiro Químico
>>Me. Engenharia Civil
>>(085)88412345
>>(085)33669042
>>
>>
>>
>>
>>Biogás
>>========================================================
>>author: Ari Clecius Alves de Lima
>>date: 19/02/2014
>>
>>
>>
>>
>>Definição de Biogás
>>========================================================
>>
>>
>>
>>
>>
>>
>>Biogás ...
>>
>>
>>
>>
>>- Bullet 1
>>- Bullet 2
>>- Bullet 3
>>
>>
>>Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido
>>========================================================
>>
>>
>>```{r}
>>summary(cars)
>>
>>
>>```
>>
>>
>>Slide With Plot
>>========================================================
>>
>>
>>```{r, echo=FALSE}
>>plot(cars)
>>```
>>
>>
>>
>>
>>_______________________________________________
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>
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>
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Message: 5
Date: Thu, 20 Feb 2014 15:00:01 -0300
From: Alisson Lucrecio <alissonluc@gmail.com>
To: r-br <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] Rpresentation
Message-ID:
<CAGE5b4d+BpdF8F94je9+YxUrCZT8r_SGWm=sCeWj-AFPvWc0vw@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
user encoding = "latin1"
read.csv("nomedoarquivo.csv", ...., encoding = "latin1")
att
2014-02-20 14:42 GMT-03:00 Bruno Barros <brunosoab@gmail.com>:
> Pode tentar também usar:
>
> source("file.r", encoding="utf-8")
>
> abs,
>
> Bruno Barros
> @brunosoab
>
>
> Em 20 de fevereiro de 2014 14:25, Fernando Souza <nandodesouza@gmail.com>escreveu:
>
> Você utiliza o editor R studio? se for vá em file-> save with enconding,
>> e altere a sistema de codificação ASCII ou ISO deve funcionar.
>> att
>>
>> Em 20-02-2014 13:05, Ari Clecius escreveu:
>>
>> Boa tarde, estou aprendendo a fazer uma apresentação no R
>> presentations, mas ao gerar o arquivo as palavras que tema cento saem
>> desconfiguradas, alguém saberia resolver?
>>
>> Att,
>>
>> Ari Clecius Alves de Lima
>> Engenheiro Químico
>> Me. Engenharia Civil
>> (085)88412345
>> (085)33669042
>>
>>
>> *Biogás*
>> *========================================================*
>> *author: Ari Clecius Alves de Lima*
>> *date: 19/02/2014*
>>
>>
>> *Definição de Biogás*
>> *========================================================*
>>
>>
>>
>> *Biogás ...*
>>
>>
>> *- Bullet 1*
>> *- Bullet 2*
>> *- Bullet 3*
>>
>> *Produção de biogás em meio líquido e em meio semi-sólido*
>> *========================================================*
>>
>> *```{r}*
>> *summary(cars)*
>>
>> *```*
>>
>> *Slide With Plot*
>> *========================================================*
>>
>> *```{r, echo=FALSE}*
>> *plot(cars)*
>> *```*
>>
>>
>>
>> _______________________________________________
>> R-br mailing listR-br@listas.c3sl.ufpr.brhttps://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
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>>
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>> código mínimo reproduzível.
>>
>
>
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> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
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> código mínimo reproduzível.
>
--
Alisson Lucrecio da Costa
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Message: 6
Date: Thu, 20 Feb 2014 10:50:11 -0800 (PST)
From: Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br>
To: r-br <R-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: [R-br] gpData
Message-ID:
<1392922211.92369.YahooMailNeo@web126102.mail.ne1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Ao rodar esta rotina:
#############################################
## Test gpData object and regress
##
##
## author : Hans-Juergen Auinger
## date : 2011 - 11 - 30
##
##############################################
# number of locations
nLoc <- 3
# number of genotypes
nEntry <- 10
# number of replications
nRep <- 2
# phenotypic residuals
pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
head(pheno)
# individual values
IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
head(IDvals)
# location values
locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
# replication values
repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
# sums
Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 1]
Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 2]
Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 3]
pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
# genotypic values
geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, ncol=15)
rownames(geno) <- 1:nEntry
colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
# map infomation
map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
head(map)
# create a gpData object
gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
O seguinte erro aparece :
> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
Error: could not find function "create.gpData"
Alguém poderia me ajudar ???
Desde já agradeço.
Att,
Giselle
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/16251a0d/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 7
Date: Thu, 20 Feb 2014 17:02:05 -0300
From: André Figueiras Rutz <rutzaf@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] gpData
Message-ID:
<CAE7MPagSX85UdBwE-uA5rsc+7NdUM9SKc=ATReFSJ3E5B67mDQ@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
Abs
"Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is
clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
Lao Tzu - Tao Te Ching
Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
> Ao rodar esta rotina:
> #############################################
> ## Test gpData object and regress
> ##
> ##
> ## author : Hans-Juergen Auinger
> ## date : 2011 - 11 - 30
> ##
> ##############################################
>
> # number of locations
> nLoc <- 3
> # number of genotypes
> nEntry <- 10
> # number of replications
> nRep <- 2
> # phenotypic residuals
> pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
> Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
> Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
> Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
> loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
> wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
> head(pheno)
> # individual values
> IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> head(IDvals)
> # location values
> locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> # replication values
> repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
> rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> # sums
> Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 1]
> Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 2]
> Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 3]
> pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
> pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
> pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
> pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
> pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
> pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
> # genotypic values
> geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
> ncol=15)
> rownames(geno) <- 1:nEntry
> colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
> # map infomation
> map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
> each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
> head(map)
> # create a gpData object
> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>
>
> O seguinte erro aparece :
> > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> Error: could not find function "create.gpData"
>
>
> Alguém poderia me ajudar ???
> Desde já agradeço.
>
> Att,
>
> Giselle
>
>
> _______________________________________________
> R-br mailing list
> R-br@listas.c3sl.ufpr.br
> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça
> código mínimo reproduzível.
>
-------------- Próxima Parte ----------
Um anexo em HTML foi limpo...
URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20140220/7ad7cd81/attachment-0001.html>
------------------------------
Message: 8
Date: Thu, 20 Feb 2014 12:30:09 -0800 (PST)
From: Giselle Davi <giselle_davi@yahoo.com.br>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] gpData
Message-ID:
<1392928209.63193.YahooMailNeo@web126106.mail.ne1.yahoo.com>
Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Sim, está !!!
Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz <rutzaf@gmail.com> escreveu:
Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
Abs
?Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?" Lao Tzu - Tao Te Ching
Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
Ao rodar esta rotina:
>#############################################
>## Test gpData object and regress
>##
>##
>## author : Hans-Juergen Auinger
>## date : 2011 - 11 - 30
>##
>##############################################
>
>
># number of locations
>nLoc <- 3
># number of genotypes
>nEntry <- 10
># number of replications
>nRep <- 2
># phenotypic residuals
>pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
> Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
> Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
> Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
> loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
> wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
>head(pheno)
># individual values
>IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
>head(IDvals)
># location values
>locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
># replication values
>repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
># sums
>Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 1]
>Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 2]
>Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) + IDvals[pheno$ID, 3]
>pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
>pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
>pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
>pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
>pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
>pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
># genotypic values
>geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry, ncol=15)
>rownames(geno) <- 1:nEntry
>colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
># map infomation
>map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2, each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
>head(map)
># create a gpData object
>gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>
>
>
>
>O seguinte erro aparece :
>> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated = c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>Error: could not find function "create.gpData"
>
>
>
>
>Alguém poderia me ajudar ???
>Desde já agradeço.
>
>
>Att,
>
>
>Giselle
>
>
>_______________________________________________
>R-br mailing list
>R-br@listas.c3sl.ufpr.br
>https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br
>Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
>
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------------------------------
Message: 9
Date: Thu, 20 Feb 2014 17:34:54 -0300
From: André Figueiras Rutz <rutzaf@gmail.com>
To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Subject: Re: [R-br] gpData
Message-ID:
<CAE7MPajUcri-EesQGEaghMia4qLuC3qXLaa5UVq_D_jW9Nrv7Q@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Vc carregou ele na sessão com o require?
"Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is
clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
Lao Tzu - Tao Te Ching
Em 20/02/2014 17:30, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
> Sim, está !!!
>
>
> Em Quinta-feira, 20 de Fevereiro de 2014 17:02, André Figueiras Rutz <
> rutzaf@gmail.com> escreveu:
> Já tentou verificar se o pacote gpData está instalado?
> Abs
> "Do you have the patience to wait until your mud settles, and the water is
> clear? Can you remain unmoving until the right action arises by itself?"
> Lao Tzu - Tao Te Ching
> Em 20/02/2014 15:50, "Giselle Davi" <giselle_davi@yahoo.com.br> escreveu:
>
> Ao rodar esta rotina:
> #############################################
> ## Test gpData object and regress
> ##
> ##
> ## author : Hans-Juergen Auinger
> ## date : 2011 - 11 - 30
> ##
> ##############################################
>
> # number of locations
> nLoc <- 3
> # number of genotypes
> nEntry <- 10
> # number of replications
> nRep <- 2
> # phenotypic residuals
> pheno <- data.frame(ID = rep(1:nEntry, nRep*nLoc),
> Trait1 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=3),
> Trait2 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry)*2,
> Trait3 = rnorm(nRep*nLoc*nEntry, sd=5),
> loc = rep(1:nLoc, each=nRep*nEntry),
> wdh = rep(rep(1:nRep, each=nEntry), nLoc))
> head(pheno)
> # individual values
> IDvals <- matrix(c(rnorm(nEntry, sd=1),rnorm(nEntry, sd=2),rnorm(nEntry,
> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> head(IDvals)
> # location values
> locVals <- matrix(c(rnorm(nLoc, sd=3), rnorm(nLoc, sd=2), rnorm(nLoc,
> sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> # replication values
> repVals <-matrix(c(rnorm(nLoc*nRep, sd=5), rnorm(nLoc*nRep, sd=5),
> rnorm(nLoc*nRep, sd=4)), ncol=3, byrow=FALSE)
> # sums
> Trait1 <- locVals[pheno$loc, 1] + rep(repVals[, 1], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 1]
> Trait2 <- locVals[pheno$loc, 2] + rep(repVals[, 2], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 2]
> Trait3 <- locVals[pheno$loc, 3] + rep(repVals[, 3], each=nEntry) +
> IDvals[pheno$ID, 3]
> pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + Trait1
> pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + Trait2
> pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + Trait3
> pheno$Trait1 <- pheno$Trait1 + ceiling(abs(min(pheno$Trait1))) + 5
> pheno$Trait2 <- pheno$Trait2 + ceiling(abs(min(pheno$Trait2))) + 2
> pheno$Trait3 <- pheno$Trait3 + ceiling(abs(min(pheno$Trait3))) + 10
> # genotypic values
> geno <- matrix(sample(c(0:2), 15*nEntry, replace=TRUE), nrow=nEntry,
> ncol=15)
> rownames(geno) <- 1:nEntry
> colnames(geno) <- paste("M", 1:15, sep="")
> # map infomation
> map <- data.frame(row.names = paste("M", 1:15, sep=""), chr = c(rep(1:2,
> each=6), 2, 2, 2), pos=c((1:6)*30-30, (1:9)*25-25))
> head(map)
> # create a gpData object
> gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
>
>
> O seguinte erro aparece :
> > gpTest <- create.gpData(pheno=pheno, geno=geno, map=map, repeated =
> c("loc", "wdh"), modCovar = c("loc", "wdh"))
> Error: could not find function "create.gpData"
>
>
> Alguém poderia me ajudar ???
> Desde já agradeço.
>
> Att,
>
> Giselle
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Message: 10
Date: Thu, 20 Feb 2014 21:09:24 -0400
From: Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>
To: "r-br@listas.c3sl.ufpr.br" <r-br@listas.c3sl.ufpr.br>
Subject: Re: [R-br] gpData
Message-ID:
<CABmC8gnsy-EkSDtBAGWBzisEW4VtVpVLkwtLKdjb8JGWvi9qaw@mail.gmail.com>
Content-Type: text/plain; charset="iso-8859-1"
Boa noite!
A função create.gpData() pertence ao pacote {synbreed}.
Inicie com:
require(synbreed)
--
Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]
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Subject: Legenda do Digest
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Fim da Digest R-br, volume 38, assunto 18
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