Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código. 2014-11-08 16:31 GMT-02:00 Alisson Lucrécio < alisson.lucrecio@ifgoiano.edu.br>:
Lie a respeito deles há alguns meses, WinBugs, JAGS e Stan, não me lembro muito bem mais todos funcionam com MCMC. Tinha lido que o Rtan era mais eficiente que o WinBurgs pos tinha tido uma evolunção no amostradores de Gibbs. Entretanto, não sei se o Jags também teve essa evolução, mas todos fazem a mesma coisa, vc só tera uns 30 a 40 segundos a menos quando rodar o código.
2014-11-08 16:12 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] < ml-node+s2285057n4663488h64@n4.nabble.com>:
Oi Alisson, fui experimentar o JAGS, conhece? Com os mesmos códigos de
antes rodou normalmente o programa. Não sabia que o rbug era problemático, fiquei horas quebrando a cabeça para solucionar e nada.
Aparentemente está tudo ok!
O rstan não rodou de jeito nenhum aqui. Chegou a carregar o pacote pelo comando que me passou, mas na hora de rodar aquele exemplo começou a apresentar erro de funções não encontradas. Não sei se o problema foi no meu pc.
Valeu pela ajuda
Em 8 de novembro de 2014 15:54, Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=0>> escreveu:
Victor,
Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CMR. Vc conseguiu rodar o rstar?
Att.
2014-11-08 15:52 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=1>>:
Victor,
Minha sugestão é que vc sustituia o código rbug por rstan, o rbug é muito problemático e ineficente, mande um CRM. Vc conseguiu rodar o rstar? Att.
2014-11-08 15:38 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663488&i=2>>:
Não rodou aqui. =/
O erro que tinha incialmente eu consegui arrumar, só que agora surgiu outro
Error in handleRes(res) : NA
Só que não tem NA na minha base de dados
2014-11-08 14:10 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=0>>:
Caro Victor,
Se der certo teste esse exemplo.
library(rstan)
treatment_level <- c("0", "5", "10", "15") repetition_number <- 20 response_mean <- c(100, 94, 88, 82)
treatment <- gl(n = length(treatment_level), k = repetition_number, labels = treatment_level) str_error <- 2
response_temp <- sapply(response_mean, function(x){ response <- rnorm(n = repetition_number, mean = x, sd = str_error) })
response <- c(response_temp)
plot(response ~ treatment)
summary(lm(response ~ treatment -1))
mean(response) sd(response)
stan_data <- list(N = length(response), I = length(treatment_level), Treatment=as.numeric(treatment), Response = response)
# Bayesian method for estimate mean and standard error by treatment
stan_modelcode <- " data { // data setup int<lower=0> N; // sample size int<lower=1> I; // number of treatments real Response[N]; // Response int<lower=1, upper=I> Treatment[N]; // Treatment }
parameters { real mu[I]; real<lower=0, upper=100> sigma[I]; }
model { //Priors mu ~ normal(0, 100); sigma ~ uniform(0, 100); //Likelihood for(i in 1:N) { Response[i] ~ normal(mu[Treatment[i]], sigma[Treatment[i]]); } } "
fit <- stan(model_code = stan_modelcode, data = stan_data, iter = 1000, chains = 3, verbose = TRUE)
plot(fit)
2014-11-08 14:09 GMT-02:00 Alisson Lucrécio <[hidden email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=1>>:
Use esse código. > > Sys.setenv(MAKEFLAGS = "-j4") > source('http://mc-stan.org/rstan/install.R', echo = TRUE, > max.deparse.length = 2000) > install_rstan() > > 2014-11-08 13:41 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden email] > <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663486&i=2>>: > > Oi Alisson, o pacote deu erro para instalar. Tanto pelo arquivo >> quando pelo código install.packages >> >> >> Esse erro que está acontecendo comigo é no modelo? Porque >> aparentemente está tudo ok com ele. >> >> Em 8 de novembro de 2014 13:01, Alisson Lucrécio <[hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=0>> escreveu: >> >>> Victor, >>> >>> Boa tarde. >>> >>> Use o pacote rstan. >>> >>> Att. >>> >>> >>> 2014-11-08 12:53 GMT-02:00 Victor Eduardo [via R-br] <[hidden >>> email] <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=1>>: >>> >>> Pessoal, estou rodando um modelo de regressão pelo Openbugs. Na >>>> hora de rodar ele da o seguinte erro durante o processo >>>> >>>> >>>> Error in BRugs::samplesSet(parametersToSave) : >>>> model must be initialized before monitors used >>>> >>>> >>>> >>>> >>>> O que seria exatamente isso? Já mexi em tudo quanto é >>>> configuração e código do meu modelo e nada até agora >>>> >>>> >>>> >>>> Atenciosamente, >>>> >>>> >>>> Victor Eduardo >>>> >>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> [hidden email] >>>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663480&i=0> >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>>> forneça código mínimo reproduzível. >>>> >>>> ------------------------------ >>>> If you reply to this email, your message will be added to the >>>> discussion below: >>>> >>>> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... >>>> To unsubscribe from R-br, click here. >>>> NAML >>>> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >>>> >>> >>> >>> >>> -- >>> Alisson Lucrecio da Costa >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> [hidden email] >>> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=2> >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >>> forneça código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> [hidden email] >> <http://user/SendEmail.jtp?type=node&node=4663483&i=3> >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e >> forneça código mínimo reproduzível. >> >> ------------------------------ >> If you reply to this email, your message will be added to the >> discussion below: >> >> http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Erro-ao-rodar-Wibugs-Openbugs-tp46634... >> To unsubscribe from R-br, click here. >> NAML >> <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml> >> > > > > -- > Alisson Lucrecio da Costa >
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