Veja se uma abordagem via Modelos Lineares Generalizados não seria mais interessante. Há vários materiais na net sobre o assunto. Caso contrário, é possível fazer a análise via LM, se assegurando é claro, que os resíduos atendem as pressuposições. ANOVA no R é simples. Busque por "Paulo Justiniano Ribeiro Júnior" no google, que na página dele há vários materias sobre o assunto.

Allaman
(S,f,P)