É uma questão complicada de ser comparada. Por exemplo, se um pesquisador consegue trabalhar com:Latex
R +
tikz = gerar códigos tex das figuras
tables = gerar tabelas com dados que estão no R
Hmisc::latex = converter as tabelas geradas com o tables em tex
ou knitr
e consegue ainda editar tudo isso no vim, emacs, sublime, eclipse, etc… utilizando snnipets ou alternativas do gênero, eu duvido que algum fluxo de trabalho envolvendo o word supere em termos e produtividade.
Agora uma coisa é certa, o(a) cara tem que gostar de código para utilizar um fluxo de trabalho desses, e certamente ele(a) passou vários messes até ter uma produtividade alta.
E quando vai escrever uma tese ou dissertação, por exemplo, e acha algo maravilhoso como isso:
dificilmente você pensa em word novamente em sua vida.
Outra situação, o pesquisador precisa programar pouco, escrever pouco, usar poucas tabelas, gráficos etc… eu não vejo razão para gastar muito tempo com um fluxo de trabalho tão denso. Até o evernote resolve o problema.
Obs.: Na minha opinião, o word é muito melhor que latex na hora da correção do texto (alteração controlada).
Abraço
Roney