library(survival) library(broom) library(tidyverse) fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) df<-tidy(fit) df$cumhaz <- fit$cumhaz df %>% filter(time%in%c(9,8,28,33,48)) fit1 <- summary(fit, times = c(14,28,35)) fit1 tab <- data.frame(time = fit1$time, n.risk = fit1$n.risk, n.event = fit1$n.event, survival = fit1$surv, std.err = fit1$std.err, `lower 95% CI` = fit1$lower, `upper 95% CI` = fit1$upper, cumhaz = fit1$cumhaz, strata = fit1$strata) tab *Cid Edson Mendonça Póvoas* *AnovAgro <http://www.anovagro.com/>* *Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist* *CREA : 051984991-4* *Técnico em Segurança do Trabalho * *Nº: **0012669/BA* *Tel: +55 73 99151-9565* *Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537 *LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/ *Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565 Em qui., 9 de dez. de 2021 às 09:26, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Ei Cesar,
Ei sei que o cumhaz esta la. Eu so queria uma saida parecida com a do survival. Parece que vou ter que montar uma um esquema aqui pegar esses valores e montar uma tabela de saida.
Valeu.
Pedro Emmanuel Brasil (:)=
Em qua, 8 de dez de 2021 20:42, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Isto não é suficiente?
fit$cumhaz [1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623 [7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667 [13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667 [19] 1.94166667 2.94166667
HTH -- Cesar Rabak
On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Saudações amigos do R,
Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça. Antes de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns valores gostaria de uma luz dos amigos de R.
O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa.
library("survival") fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml)
fit Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
n events median 0.95LCL 0.95UCL x=Maintained 11 7 31 18 NA x=Nonmaintained 12 11 23 8 NA # Summary com todos os momentos de eventos
summary(fit) Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
x=Maintained time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 9 11 1 0.909 0.0867 0.7541 1.000 13 10 1 0.818 0.1163 0.6192 1.000 18 8 1 0.716 0.1397 0.4884 1.000 23 7 1 0.614 0.1526 0.3769 0.999 31 5 1 0.491 0.1642 0.2549 0.946 34 4 1 0.368 0.1627 0.1549 0.875 48 2 1 0.184 0.1535 0.0359 0.944
x=Nonmaintained time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 5 12 2 0.8333 0.1076 0.6470 1.000 8 10 2 0.6667 0.1361 0.4468 0.995 12 8 1 0.5833 0.1423 0.3616 0.941 23 6 1 0.4861 0.1481 0.2675 0.883 27 5 1 0.3889 0.1470 0.1854 0.816 30 4 1 0.2917 0.1387 0.1148 0.741 33 3 1 0.1944 0.1219 0.0569 0.664 43 2 1 0.0972 0.0919 0.0153 0.620 45 1 1 0.0000 NaN NA NA
# Summary com os momentos desejados
summary(fit, times = c(14,28,35)) Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml)
x=Maintained time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875
x=Nonmaintained time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664
plot(fit) plot(fit, cumhaz = T)
Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa que o cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também. Tipo summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T) que retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra fazer isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como summary(fit, times = c(14,28,35)) sem muito trabalho?
Abraço forte, Pedro Brasil _______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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