A ordem com que você declara não muda a precisão dos efeitos estimados. Ajuste com inversão de ordem e veja o erro padrão summary() do modelo. É o mesmo.

> d1 <- read.table("http://www.leg.ufpr.br/~walmes/data/montgomery_14-1.txt",
+                  header=TRUE, sep="\t", colClasses=c("factor","factor","integer"))
> str(d1)
'data.frame':    18 obs. of  3 variables:
 $ vidro   : Factor w/ 2 levels "1","2": 1 1 1 2 2 2 1 1 1 2 ...
 $ fosforo : Factor w/ 3 levels "800","825","850": 1 1 1 1 1 1 2 2 2 2 ...
 $ corrente: int  280 290 285 230 235 240 300 310 295 260 ...
> d1$corrente[1] <- NA
> m0 <- lm(corrente~vidro*fosforo, d1)
> m1 <- lm(corrente~fosforo*vidro, d1)
> anova(m0)
              Df  Sum Sq Mean Sq  F value    Pr(>F)   
vidro          1 14309.0 14309.0 264.1663 4.884e-09 ***
fosforo        2   869.5   434.7   8.0261  0.007088 **
vidro:fosforo  2    81.5    40.8   0.7527  0.493861   
Residuals     11   595.8    54.2                      
> anova(m1)
              Df  Sum Sq Mean Sq  F value    Pr(>F)   
fosforo        2  1119.2   559.6  10.3312  0.002983 **
vidro          1 14059.3 14059.3 259.5560 5.361e-09 ***
fosforo:vidro  2    81.5    40.8   0.7527  0.493861   
Residuals     11   595.8    54.2                      

> summary(m0)
Coefficients:
                  Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)   
(Intercept)       287.5000     5.2042  55.244 8.43e-15 ***
vidro2            -52.5000     6.7185  -7.814 8.16e-06 ***
fosforo825         14.1667     6.7185   2.109   0.0587 . 
fosforo850          0.8333     6.7185   0.124   0.9035   
vidro2:fosforo825  -4.1667     9.0139  -0.462   0.6529   
vidro2:fosforo850 -10.8333     9.0139  -1.202   0.2547   

> summary(m1)
Coefficients:
                  Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)   
(Intercept)       287.5000     5.2042  55.244 8.43e-15 ***
fosforo825         14.1667     6.7185   2.109   0.0587 . 
fosforo850          0.8333     6.7185   0.124   0.9035   
vidro2            -52.5000     6.7185  -7.814 8.16e-06 ***
fosforo825:vidro2  -4.1667     9.0139  -0.462   0.6529   
fosforo850:vidro2 -10.8333     9.0139  -1.202   0.2547   

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: walmes@ufpr.br
skype: walmeszeviani
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