(Reenviando a resposta, desta vez para a lista tb.)

Benilton,

Obrigado pela resposta.

Acho que eu não fui muito claro, a mensagem de erro que eu postei foi quando tentei rodar para a base original. No exemplo que eu passei o código rodou sem problema. Além disso, não consigo usar o doMC (que depende do multicore) pois estou usando Windows (sem acesso a linux ou mac). 

De toda forma, ainda acho que leva tempo demais...

Grato,
Rubem


De: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com>
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br; Rubem Kaipper Ceratti <rubem_ceratti@yahoo.com.br>
Enviadas: Segunda-feira, 31 de Outubro de 2011 10:42
Assunto: Re: [R-br] Problemas com split+lapply

Por sinal, aumentando o numero de niveis de CC para 1250 e usando o
codigo q te mostrei acima:

CC <- paste("H-",1:1250,sep="")
dim(a)

> system.time(a.2 <- ddply(a,c('R','CC','TF'),ma.fun,k=3,.parallel=T))
  user  system elapsed
65.757  30.706  91.359