Rudiney, bom dia!
O problema está no uso de system.file() que é inadequado no seu caso.
### <BEGIN>
require(jpeg); require(tiff)
### Observe as saídas
system.file("img", "Rlogo.jpg", package="jpeg")
# [1] "C:/Program Files/Statistical/R-3.0.0/library/jpeg/img/Rlogo.jpg"
system.file("img","IMG_0606.jpg", package="jpeg")
# [1] ""
### Tente algo assim:
setwd("/home/rudiney/Data_R")
img <- readJPEG("IMG_0606.jpg")
### <END>