23 Out
2013
23 Out
'13
17:33
Mauro, envio outro anexo. Testei aqui e rodou legal. Segue a rotina abaixo.
Agora, você ou alguém da lista sabe dizer por que os BLUPs do modelo sem
pedigree (Valor genético = aditivo+ dominância + epistático) foi menor que
os BLUPs dom modelo com o pedigree (Valor genético aditivo)???
> dadped<-read.table("genealogia2.csv", head=T, sep=";", dec=",")
> head(dadped)
Num Id Mon Dad
1 1 GPA518 <NA> <NA>
2 2 GX458 <NA> <NA>
3 3 GH3156 GPA518 <NA>
4 4 GS214 GX458 <NA>
5 5 RA1251 GS214 GH3156
6 6 AB1542 RA1251 GPA518
> require(lme4)
> require(pedigreemm)
> pedCana <- pedigree(sire = as.integer(dadped$Dad),
+ dam = as.integer(dadped$Mon),
+ label= as.character(1:9))
> fac <- relfactor(pedCana)
> MpedCana <- crossprod(fac)
> dat2<-read.table("dados_sem_ascestrais.csv", head=T, sep=";", dec=",",
na.strings="NA")
> head(dat2)
geno id bloco corte local Prod
1 RA1251 5 1 1 1 117.65
2 RA1251 5 2 1 1 125.35
3 RA1251 5 3 1 1 135.02
4 AB1542 6 1 1 1 101.03
5 AB1542 6 2 1 1 108.59
6 AB1542 6 3 1 1 108.45
> attach(dat2)
The following object(s) are masked from 'dat2 (position 3)':
bloco, corte, geno, id, local, Prod
> Bloco1 <- factor(bloco)
> Corte1 <- factor(corte)
> Local1 <- factor(local)
> fm2 <- pedigreemm(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data
= dat2, pedigree = list(id = pedCana))
> BLUP.a <- ranef(fm2)$id; BLUP.a # Valor genético aditivo
(Intercept)
5 0.4146977
6 -1.1289438
7 1.2858838
8 0.1372509
9 0.2615716
> fm3 <-lmer(Prod ~ (1|id) + Local1/Corte1 + (1|Local1/Bloco1), data = dat2)
> BLUP.g <- ranef(fm3)$id; BLUP.g # Valor genético
(Intercept)
5 0.04624036
6 -0.51780417
7 0.30066464
8 0.06359092
9 0.10730825
> data.frame(BLUP.g, BLUP.a)
X.Intercept. X.Intercept..1
5 0.04624036 0.4146977
6 -0.51780417 -1.1289438
7 0.30066464 1.2858838
8 0.06359092 0.1372509
9 0.10730825 0.2615716
>
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Edjane Gonçalves de Freitas
Engenheira Agrônoma - UFAL
Doutoranda - Lab. Genética e Estatística
Departamento de Genética e Melhoramento de Plantas - ESALQ/USP
Cel: (19) 8102-7790
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