Ei turma, Obrigado pela ajuda aqui. Revendo o código eu descobri alguns erros bobos nos nomes do Meusdados.RData. Mesmo assim, executar o plot dentrdo do *.Rmd não estava dando certo. Então eu dei uma fuçada no include_graphics e ficou assim (dando certo). Nao tenho certeza absoluta se foi so isso que fez a diferença mas... ```{r fluxograma, warning=TRUE, paged.print=TRUE} knitr::include_graphics(here("resultados",paste0("Fluxograma_exclusao_",Sys.Date(),".png")), auto_pdf = TRUE) ``` Esse auto_pdf significa se houver um pdf de mesmo nome que o arquivo png no mesmo diretório, ele carrega o pdf no lugar do png. De fato essa figura tinha um pdf no mesmo diretório. Veremos se nas próximas figuras haverá o mesmo problema. Pedro Brasil Em ter., 18 de jan. de 2022 às 13:18, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu:
Exclusivamente durante a fase de geração do relatório corrente "copie" o arquivo para um nome fixo, corra todo o processo e no fim exclua apenas esse "arquivo temporário de nome fixo" para fazer de novo no seu "... bla bla blá..."
On Tue, Jan 18, 2022 at 12:11 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Ei Daniel,
Eu já tinha pensado nesta alternativa mas eu cairia em outro problema. Eu salvo os arquivos com as datas nos nomes por exemplo
png(paste0("Meugrafico_",Sys.Date(),".png")) bla bla bla dev.off()
Então pra chamar o grafico precisaria ser dentro do chunk do R. Eu tentei
```{r fluxograma, include=TRUE}
knitr::include_graphics(here("resultados",paste0("Fluxograma_exclusao_",Sys.Date(),".png"))) ``` Mas de novo o html está ok e o pdf retorna que não encontra o arquivo. Engraçado é que dentro do .Rmd sempre funciona quando peço pra executar somente este chunk.
Eu também tentei ...
```{r setup, include = FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE) knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE) knitr::opts_chunk$set(error = TRUE) library(here) library(DiagrammeR) load(here("dados",paste0("Meusdados_",Sys.Date(),".Rdata"))) ``` Pra ver se carregar os dados na sessão do rmarkdown resolve... só que não!
Pedro Brasil
Em ter., 18 de jan. de 2022 às 11:14, Daniel Guimarães Tiezzi < dtiezzi@usp.br> escreveu:
Bom dia
E se você salvar o gráfico em PNG e incluir com html (<img src="img.png" alt="image", >) ou mesmo o markdown ()?
daniel
Em ter., 18 de jan. de 2022 às 11:04, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Caros amigos de R,
Estou trabalhando num relatório de um projeto para gerar um pdf e um html periodicamente no final de cada semana. O passos são os seguintes: 1 - importar os dados; 2 - aplicar as etiquetas; 3 - editar os dados; 4 - Fazer o grafico 1; 5 - fazer o grafico 2; bla bla etc. 10 - gerar o relatório; 11 - mandar por email periodicamente. Pra cada passo eu tenho um script separado e um script principal que chama todos eles em sequência e assim consigo me organizar.
A minha questão é que já trabalhei diversas vezes com o Sweave e nunca passei por este problema, e agora começando com o rmarkdown estou batendo cabeça. A minha questão é que no script do primeiro gráfico eu gero um objeto "fluxp" que está salvo no disco ("meusdados.RData") e tambem está no .GlobalEnv. Quando eu renderizo para html dá certo. Mas quando renderizo para pdf, o arquivo vem sem a figura. Depois de pedir pra retornar os erros, vem que ele não acha o objeto do grafico. Fuçando por ai, entendi que a renderização abre uma sessão nova no segundo plano e por isso não consegue achar o objeto. Mas não estou conseguindo contornar a situação. Alguma luz?
--- title: "Resultado do projeto" author: "Pedro Brasil" date: output: always_allow_html: true ---
```{r setup, include = FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = FALSE) knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE) knitr::opts_chunk$set(error = TRUE) ```
## Fluxograma de inclusão e exclusão
```{r fluxograma, echo=FALSE, message=TRUE, warning=TRUE, paged.print=TRUE} DiagrammeR::grViz(fluxp) ``` Error in DiagrammeR::grViz(fluxp): objeto 'fluxp' não encontrado
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-- Daniel Tiezzi, MD, PhD Associate Professor Breast Disease and Gynecologic Oncology Division Department of Gynecology and Obstetrics University of São Paulo Brazil
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