Alexandre,

No seu CMR tem-se um fator apenas. Você não precisa de "a" e "a.int", eles são iguais. Será que não é a versão da apc que você tem? Ela tem sido aprimorada, está no meu pacote wzRfun, disponível do www.github.com/walmes/wzRfun. A mais recente tá assim:

## wzRfun::apc
apc <- function (lfm, lev = NULL)
{
    nlev <- nrow(lfm)
    rn <- rownames(lfm)
    a <- attr(lfm, "grid")
    if (is.null(lev)) {
        if (!is.null(a)) {
            lev <- apply(a, 1, paste, collapse = ":")
        }
        else if (!is.null(rn)) {
            lev <- rn
        }
        else {
            lev <- as.character(1:nlev)
        }
    }
    cbn <- combn(seq_along(lev), 2)
    M <- lfm[cbn[1, ], ] - lfm[cbn[2, ], ]
    if (is.vector(M))
        dim(M) <- c(1, length(M))
    rownames(M) <- paste(lev[cbn[1, ]], lev[cbn[2, ]], sep = "-")
    return(M)
}

À disposição.