Bom dia Hélio, Estou rodando a rotina novamente no R 3.1.2 e 3.0.2 em windows e não estou conseguindo replicar o seu erro, Abraço, -- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: (+55) 65 8132-8112 (TIM) (+55) 65 9686-6970 (VIVO) e-mails:alexandresantosbr@yahoo.com.br alexandre.santos@cas.ifmt.edu.br Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ====================================================================== Em 15/09/2015 08:57, Hélio Gallo Rocha escreveu:
Alexandre, bom dia.
Não consegui identificar essa msg de erro, que ocorre após executar a ultima linha:
x_hm <- heatmap(cr, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none",col=paleta, trace="none", cellnote=xval, notecol="black", notecex=0.8)
msg de erro: Error in hclustfun(distfun(x)) : NA/NaN/Inf em chamada de função externa (argumento 11)
OBS: retirei o ".2" após a função heatmap, poiis com esse dois, não rodava.
abraço
Em 14 de setembro de 2015 21:15, ASANTOS [via R-br] <ml-node+s2285057n4665047h25@n4.nabble.com <mailto:ml-node+s2285057n4665047h25@n4.nabble.com>> escreveu:
Agora sim Hélio,
Agora com correlação direta e inversa e com cores, segue CRM:
#Pacote require(gplots)
#Variáveis artificiais dados<-runif(1000) dados<-(dados*100)+c(1:500, 500:1) dados<-matrix(dados,nrow=100,ncol=10) dados<-as.data.frame(dados) names(dados)<-c("var1", "var2","var3","var4","var5","var6","var7","var8","var9","var10")
#Função by Walmes pn <- function(X){crossprod(!is.na <http://is.na>(X))}
cor.prob <- function(X){ pair.SampSize <- pn(X) above1 <- row(pair.SampSize) < col(pair.SampSize) pair.df <- pair.SampSize[above1] - 2
R <- cor(X, use="pair") above2 <- row(R) < col(R) r2 <- R[above2]^2 Fstat <- (r2 * pair.df)/(1 - r2) R[above2] <- 1 - pf(Fstat, 1, pair.df) R }
correla <- round(cor.prob(dados),4)
#Função by Helio
sig<-0.05## Significância pos
rP<-0.50 ## Correlação positiva rN<--0.50## Correlação negativa
cor.probC <- function(x){
results <- x ifelse(row(x)< col(x),ifelse(x<=sig,NA,x),ifelse(x<=rP&x>=rN,NA,x)) }
cr <- cor.probC(correla) colnames(cr) <- names(dados) rownames(cr) <- names(dados) cr #
#Plota a matriz paleta<- colorRampPalette(c(rgb(0.96,0.96,1), rgb(0.1,0.1,0.9)), space = "rgb") xval <- formatC(cr, format="f", digits=2) x_hm <- heatmap.2(cr, Rowv=FALSE, Colv=FALSE, dendrogram="none",col=paleta, trace="none", cellnote=xval, notecol="black", notecex=0.8) #
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone:(+55) 65 8132-8112 <tel:%28%2B55%29%2065%208132-8112> (TIM)(+55) 65 9686-6970 <tel:%28%2B55%29%2065%209686-6970> (VIVO) [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=0> [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=1> Lattes:http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================
Em 02/09/2015 22:29, Hélio Gallo Rocha escreveu:
Alexandre. Estou num celular, mas acho que incluindo o caracter & no campo relativo a correlação, vai funcionar
Em 02/09/2015 22:36, "ASANTOS [via R-br]" <[hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=2>> escreveu:
Boa noite Helio,
O problema é que a função some também com variáveis significantes mas inversamente correlacionadas, se altero ifelse(x>=0.08,NA,x), tenho o problema inverso. Veja as alterações que fiz, também criei uma estrutura de correlação um pouco melhor nos dados artificiais. Outro problema para colorir estão sendo os NA's, mas acho que estamos chegando lá, segue o CRM:
#Variáveis artificiais dados<-runif(1000) dados<-(dados*100)+c(1:500, 500:1) dados<-matrix(dados,nrow=100,ncol=10) dados<-as.data.frame(dados) names(dados)<-c("var1", "var2","var3","var4","var5","var6","var7","var8","var9","var10")
#Função by Walmes pn <- function(X){crossprod(!is.na <http://is.na>(X))}
cor.prob <- function(X){ pair.SampSize <- pn(X) above1 <- row(pair.SampSize) < col(pair.SampSize) pair.df <- pair.SampSize[above1] - 2
R <- cor(X, use="pair") above2 <- row(R) < col(R) r2 <- R[above2]^2 Fstat <- (r2 * pair.df)/(1 - r2) R[above2] <- 1 - pf(Fstat, 1, pair.df) R }
correla <- round(cor.prob(dados),4)
#Função by Helio
sig<-0.05## Significância r<-0.30 ## Correlação
cor.probC <- function(x){
results <- x ifelse(row(x)< col(x),ifelse(x<=sig,NA,x),ifelse(x<=r,NA,x)) }
cr <- cor.probC(correla) colnames(cr) <- names(dados) rownames(cr) <- names(dados) cr #
Abraço,
-- ======================================================================
Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone: <a moz-do-not-send="true" href="tel:%28%2B55%29%2065%208132-8112" value="+556581328112 <tel:%2B556581328112>" target="_blank">(+55) 65 8132-8112 <tel:%28%2B55%29%2065%208132-8112> (TIM) <a moz-do-not-send="true" href="tel:%28%2B55%29%2065%209686-6970" value="+556596866970 <tel:%2B556596866970>" target="_blank">(+55) 65 9686-6970 <tel:%28%2B55%29%2065%209686-6970> (VIVO) e-mails:[hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665035&i=0> [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665035&i=1> Lattes: http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================
Em 02/09/2015 12:09, Hélio Gallo Rocha escreveu: > var1<-sort(rnorm(30,1), decreasing = TRUE) > var2<-rnorm(30,10) > var3<-sort(rnorm(30,22)) > var4<-sort(rnorm(30,10)) > var5<-sort(rnorm(30,0.5), decreasing = TRUE) > var6<-sort(rnorm(30,25), decreasing = TRUE) > var7<-rnorm(30,10) > dados<-cbind(var1,var2,var3,var4,var5,var6,var7)
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665035&i=2> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
------------------------------------------------------------------------ If you reply to this email, your message will be added to the discussion below: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Exibicao-de-matriz-de-correlacao-dada...
To unsubscribe from R-br, click here. NAML <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=3> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
-- ====================================================================== Alexandre dos Santos Proteção Florestal IFMT - Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia de Mato Grosso Campus Cáceres Caixa Postal 244 Avenida dos Ramires, s/n Bairro: Distrito Industrial Cáceres - MT CEP: 78.200-000 Fone:(+55) 65 8132-8112 <tel:%28%2B55%29%2065%208132-8112> (TIM)(+55) 65 9686-6970 <tel:%28%2B55%29%2065%209686-6970> (VIVO) [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=4> [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=5> Lattes:http://lattes.cnpq.br/1360403201088680 ======================================================================
_______________________________________________ R-br mailing list [hidden email] <http:///user/SendEmail.jtp?type=node&node=4665047&i=6> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.
------------------------------------------------------------------------ If you reply to this email, your message will be added to the discussion below: http://r-br.2285057.n4.nabble.com/R-br-Exibicao-de-matriz-de-correlacao-dada...
To unsubscribe from R-br, click here <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=unsubscribe_by_code&node=3357982&code=aGVsaW9nYWxsb3JvY2hhQGdtYWlsLmNvbXwzMzU3OTgyfC0xMzQ3NTkwMDY4>. NAML <http://r-br.2285057.n4.nabble.com/template/NamlServlet.jtp?macro=macro_viewer&id=instant_html%21nabble%3Aemail.naml&base=nabble.naml.namespaces.BasicNamespace-nabble.view.web.template.NabbleNamespace-nabble.view.web.template.NodeNamespace&breadcrumbs=notify_subscribers%21nabble%3Aemail.naml-instant_emails%21nabble%3Aemail.naml-send_instant_email%21nabble%3Aemail.naml>
-- Hélio Gallo Rocha IFSULDEMINAS - Câmpus Muzambinho
_______________________________________________ R-br mailing list R-br@listas.c3sl.ufpr.br https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forne�a c�digo m�nimo reproduz�vel.