A model.matrix() te dá a matriz sob a restrição paramétrica considerada no ajuste, que por padrão é a contraste tratamento (anula 1 nível). Para ter a matriz sem restrições você vai ter que fazer a matriz para cada termo do seu modelo, removendo o intercepto e colando lado à lado, por exemplo
mA <- model.matrix(~-1+A)
mB <- model.matrix(~-1+B)
mAB <- model.matrix(~-1+A:B)
m <- cbind(A, B, AB)
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Walmes.
==========================================================================Walmes Marques Zeviani
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