Verifiquei meu sistema e embora não seja possível executar o "R CMD javareconf" todo suporte Java está operando normalmente. Vejas os pacotes carregados.
Será que esse procedimento não é necessário apenas nos sistemas linux? Por que você precisa realizar o procedimento? Não está conseguindo instalar ou carregar algum pacote?
> sessionInfo()
R version 3.1.3 (2015-03-09)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 8 x64 (build 9200)
locale:
[1] LC_COLLATE=Portuguese_Brazil.1252 LC_CTYPE=Portuguese_Brazil.1252 LC_MONETARY=Portuguese_Brazil.1252
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attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base
other attached packages:
[1] xlsx_0.5.7 xlsxjars_0.6.1 JGR_1.7-16 iplots_1.1-7 JavaGD_0.6-1 rJava_0.9-6
loaded via a namespace (and not attached):
[1] png_0.1-7 tools_3.1.3
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