Carlos e colegas, bom dia!

Vou  aproveitar um script anterior, fazendo algumas alterações. Como da outra vez, creio que dá pra adaptar facilmente pro seu caso.

Vou trabalhar extraindo o vetor de interesse, substituindo este vetor no objeto origem ao final...

##### <begin> #####

require(sp); require(rgdal)

### Download do exemplo (399 Kb)

download.file('https://dl.dropbox.com/u/117618178/dourados/DDOS.tif', 

              file.path(getwd(),'DDOS.tif'), mode='wb')

alt = readGDAL("DDOS.tif"); gridded(alt) ### 'importa' o geotiff

image(alt, col=terrain.colors(21)) ## visualização

slotNames(alt) ### nome dos slots (S4)

proj4string(alt) ### projeçãoo definida no geotiff

head(alt@data) ### observe os valores dos dados

head(alt@data$band1) ### observe os valores dos dados

### Opção para fatiar (0 ou 1)

alt2 <- alt ### para manipular uma cópia do objeto

z <- alt2@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse

n <- length(z); n

for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=0} else{z[i]=1}}; head(z) ### 0 ou 1

alt2@data$band1 <- z ### substitui o vetor manipulado no objeto

image(alt2) ## visualização

### Opção para mascarar valores abaixo de critério (com 0 ou NA)

alt3 <- alt ### para manipular outra cópia do objeto

z <- alt3@data$band1 ### para manipular apenas o vetor de interesse

n <- length(z); n

for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=0}}; head(z) ### 0 ou 1

#for(i in 1:n){if (z[i]<400){z[i]=NA}}; head(z) ### 0 ou 1

alt3@data$band1 <- z ### substitui o vetor manipulado no objeto

image(alt3) ## visualização

##### <end> #####