Tito,

ajustando uma regressão e vendo quais valores são menores que os preditos tu consegue o que tu quer

setwd('C:\\Users\\ro\\Downloads')
dados <- read.table('Coordenadas.txt')
lat=c(-23.96201,-25.25727) 
lon=c(-46.33095,-44.76760) 
(mod <- lm(lat~lon))

plot(dados)
abline(mod,col=2)
pts <- dados$lat < predict(mod,dados)
points(dados[pts,],col=3)
mean(pts)

Ou seja, 31% estão abaixo da reta (os pontos verdes do gráfico) 

2012/5/12 Tito Conte <tito.conte@gmail.com>
De forma genérica a lista gerada, corresponde a x e y de uma reta 
quero saber quais pontos do arquivo estão acima ou abaixo dessa reta porém o maior vetor eh o da reta e não o meu conjunto de dados

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