Daniel, boa noite!

Segue uma sugestão, alojando as conversões em novas colunas. 

O formato de saída é configurável e o uso de as.factor() funcionaria, mas iria cria levels para cada 'data' (n=103).

a<- data.frame(Date.end = as.Date(seq(from=as.POSIXct('2012-06-26', tz="UTC"), 

                                      to=as.POSIXct('2012-10-06', tz="UTC"), by="day")))

a$Date.end2 <- as.integer(format(a$Date.end,"%Y%m%d"))

a$Date.end3 <- as.character(format(a$Date.end,"%Y%m%d"))

str(a)

Espero que ajude,

Dourados, MS, Brazil [22 16.5'S, 54 49.0'W]