Olá,
Você não compartilhou muito para ter uma idéia de outro eventual problema, mas em princípio, você precisa de 3 blocos de documentação com respectivos @exports para que as funções apareçam. Esse "bloco das funções" não parece funcionar.
Eu tentaria algo do tipo para suas funções:
#'@name funcoes #ai acho que nao precisa do alias
#' etc etc help da função 1
#'@rdname funcoes
#'@export
f1 <- function(etc){}
#'
#'@rdname funcoes
#' coisas da função 2
#'@export
f2 <- function(etc){}
#'
#'@rdname funcoes
#' coisas da função 3
#'@export
f3 <- function(etc){}
E em todo caso, tudo funciona melhor com funções em .R separados. Apesar disso ser uma limitação pra você, recomendo fortemente.