Me debrucei sobre o problema até que resolvi. Vou descrever aqui para que fique documentado e sirva para alguém no futuro. O problema do odfWeave é que não estava encontrando o aplicativo para fazer zip e unzip de acordo como o apontado nessa mensagem
que é uma etapa da compilação. Então eu busquei pelo download deles no google e encontrei essa página
que fornece os seguintes links para os executáveis que preciso
Fiz o download destes e coloque na pasta onde entra o meu aquivo odt chamado de in.odt. Abri uma sessão R, mudei o diretório e corri isso
require(odfWeave)
odfctrl <- odfWeaveControl(
zipCmd=c("zip.exe -r $$file$$ .","unzip.exe -o $$file$$"),)
odfWeave(file="in.odt", dest="out.odt", control=odfctrl)
Pronto. Problema resolvido.
Walmes.