Olá Edson,
você pode fazer o seguinte:
dados = "H_ENTRADA H_SAÍDA
19:00:00 19:30:00
15:01:00 15:45:00
15:44:00
12:35:00 14:00:00
12:00:00 13:00:00
09:00:00 10:40:00
10:05:00
09:00:00 10:10:00
10:00:00 10:23:00"
dados = read.table(textConnection(dados),header=T, sep=" ")
#transforma fator em data:
dados[,1] = as.POSIXct(as.character(dados[,1]), format = "%H:%M:%S")
dados[,2] = as.POSIXct(as.character(dados[,2]), format = "%H:%M:%S")
#Differença:
dados[,2] - dados[,1]
# tomando apenas os valores das diferenças:
as.vector(dados[,2] - dados[,1])
abraço,
Rogério