
Não, colando os dados em cada linha de comando que pede os dados, com o crtl r ..acontece que nunca fiz anosim, no R...tentei seguindo os passos do manual, mas não sei onde altero para inserir meus dados. Ainda não fiz abrindo em formato csv, ou txt. Você acha assim mais fácil? Em 13 de julho de 2012 17:10, Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com> escreveu:
Tipo, vc abriu esses dados então, com algo tipo
meusdados<-read.table("meusdados.txt")
Cola todo o seu script ai que não da pra entender muito bem como vc abriu esses dados. Esses dados vc ja ve no R?
Em 13 de julho de 2012 14:11, Débora Rodrigues de Souza < debora.rdsouza@gmail.com> escreveu:
Augusto,
Antes de qualquer coisa, muito obrigada. Entendi todos os passos, mas ainda não consigo fazer. Entendi que são duas planilhas de dados (uma com espécies de diferentes sítios, e uma com variáveis). Mas gostaria de saber, onde eu altero para inserir os meus dados. Eu trabalho "colando" os dados no script. Outra coisa, já vi ANOSIM, sendo feito para avaliar a distribuição do NMDS, nesse caso, também é utilizado duas planilhas?? Estou trabalhando com quatro áreas...abaixo, mando parte da tabela. A primeira é das variáveis, e a segunda com os dados de sp.
Bom, seguindo o script
library(vegan) #sempre uso o vegan data(dune) #aqui eu colo a matriz que está abaixo, mas não vejo mandeira de alterar o dune... data(dune.env) # aqui necessariamente eu preciso de uma matriz de variáveis??? dune.dist <- vegdist(dune) #aqui ele calcular a similaridade, mas preciso alterar o dune, não é? Como eu devo fazer por exemplo para usar Jaccard?//
attach(dune.env) dune.ano <- anosim(dune.dist, Management) summary(dune.ano) plot(dune.ano)
esp pH umidsolo 1 4 4.6 80 2 7 3.3 70 3 7 3.6 71 4 6 3.3 80 Linsp1 Tapsp1 Ectatomsp3 Gnamptsp1 Gnamptosp3 1 2 0 1 10 1 2 3 0 5 2 0 3 2 0 0 4 0 4 5 1 1 7 3
Desde já obrigada! E me desculpe tantas perguntas. Aguardo resposta. Att, Débora.
Em 12 de julho de 2012 17:36, Augusto Ribas <ribas.aca@gmail.com>escreveu:
Veja se os comentarios abaixo te ajudam.
E vc esqueceu de informar que esta usando um pacote a parte do R Essa função pertence a um pacote chamado vegan, se vc não informar que esta usando ele, as pessoas não vão conseguir reproduzir o que vc ta fazendo.
#abrindo o pacote library(vegan)
#note que aqui vc ta abrindo dados de exemplo, 2 conjuntos de dados data(dune) data(dune.env)
#a função head() mostra o começo dos dados, caso seja uma matriz muito longa por exemplo #vc pode usar pra ter uma ideia head(dune) head(dune.env)
#no manual explica do que se trata os dados, basicamente dune é uma matriz com colunas sendo as especies e linhas sua ocorrencia #no caso em 20 lugar, cada linha é um lugar #o dune.env é varia variaveis ambientais de cada um desses 20 locais ?dune ?dune.env
#primeiro ele calcula a similaride dune.dist <- vegdist(dune) #digita ? o comando que ele explica o que ta fazendo, e como é a sintaxe ?vegdist #veja que aqui vc so calculou a matriz de similaridade entre lugares usando braycurtis dune.dist #qd vc olhou o help la, vc viu que tem um monte de coisa, que nao os dados que ja vem definido, ou seja #é o default, e la tinha ,method="bray", então se vc nao fala ele ta usando isso #ai antes de usar olha o que o comando vai fazer ?anosim #então vc vai dar a similaridade entre lugares, e uma caracteristica ambiental #e ele vai ver se essa caracteristica define a comunidade que ta la mais ou menos #no detalhes ele explica bem o que faz #então vc tem a primeira coisa uma matriz de similaridade, e a segunda, um caracteristica que define cada lugar dune.ano <- anosim(dune.dist, dune.env$Management)
#ai vc olha o resultado summary(dune.ano) #e olha ele graficamente plot(dune.ano)
#qd vc usa o attach(), vc pode chamar as colunas desse dataframe diretamente #como fez com Management, mas olhe que dune.env$Management
#é so como é o uso de cada lugar, um vetor de tamanho 20, se vc ta colocando ali uma matriz não vai funcionar #vc tem que colocar a comunidade, na forma de uma matriz de distancias, e a caracteristica que acha importante. #se ainda não conseguir informe o que vc esta colocando no comando. Informe todo o script que vc ta usando #e explique como são seus dados
Bem espero que ajude.
Não se esqueça de olhar o guia de postagem ^^ http://www.leg.ufpr.br/doku.php/software:rbr
Em 12 de julho de 2012 14:26, Débora Rodrigues de Souza <debora.rdsouza@gmail.com> escreveu:
Boa tarde a todos, Acabei de encontrar essa página de discussões, e achei muito interessante a ideia, parabéns aos organizadores. Bom, gostaria de auxílio para executar uma análise de similaridade do tipo ANOSIM. Sei que o teste é feito a posteriori o NMDS, ou alguma análise de ordenação, mas tenho dúvida quando ao script do mesmo. Já tentei seguindo os passos indicados no manul do programa R, mas fiquei em dúvida em qual comando devo alterar, para então inserir os meus dados. Estou mexendo nesse programa a pouco tempo, por isso a dificuldade. Ao que me parece, devo entrar com dois tipos de planilhas. Mas mesmo colando meus dados, o resultado que aparece é o da memória do programa. Como alterar isso??? Esse é o script que vejo no programa,
data(dune) data(dune.env) dune.dist <- vegdist(dune) attach(dune.env) dune.ano <- anosim(dune.dist, Management) summary(dune.ano) plot(dune.ano)
Alguém poderia me ajudar??? Desde já agradeço a atenção, e aguardo resposta.
Att, Débora
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-- Grato Augusto C. A. Ribas
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-- Grato Augusto C. A. Ribas
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