Aqui tem uma boa explicação de como fazer isso no R usando os dados da publicação original de Bland e Altman (Lancet 1986):

http://rstats.tiddlyspot.com/#Bland-Altman

Abs,

D

2011/7/6 Edson Lira <edinhoestat@yahoo.com.br>
Valeu Tura!
 
Edson Lira
Estatístico
Manaus-Amazonas

De: Bernardo Rangel Tura <tura@centroin.com.br>
Para: r-br@listas.c3sl.ufpr.br
Enviadas: Quarta-feira, 6 de Julho de 2011 6:27
Assunto: Re: [R-br] Grau de concordância

On Tue, 2011-07-05 at 07:35 -0700, Edson Lira wrote:
> Bom dia R-Br lista,
>
>
> tenhos as observações abaixo:
>
>
>  g_ob1 g_ob2  wbc
> 1    15    3 0.00
> 2    35    40 0.09
> 3  200  200 0.10
> 4  310  300 0.30
> 5    60    60 0.09
> 6  860  800 1.60
> 7  506  320 0.60
> 8  125  138 0.24
> 9    4    0 0.01
>
>
>
> Desejo checar a concocrdância entre ( g_ob1, g_ob2); (g_ob1,wbc),
> (g_ob2,wbc)
>
>
> Nos pacotes DiagnosisMed e psych só trabalham com positivo e
> negativo,certo, errado. É isso ou estou enganado?
>
>
> Alguém poderia me indicar uma solução para isso?

Edson,

Você precisa de usar concordância numérica

Bland e Altman fizeram um gráfico para estudar este tipo de problema
essencialmente você plot média das medias pela diferença das medidas
Há muito material disponível na internet voui ver se acho um rotina
minha e depois mando para você
--
[]s
Tura

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