Boa noite pessoal,Visitando alguns blogs descobri a possibilidade do uso do R para determinar a área foliar através do pacote EBImage. Alguém de vocês já usou o R para determinar a área foliar afetada pelo patógeno, ou área foliar sadia? Se sim, e alguém puder passar algum script ou exemplo, muito obrigado. Abraços ..................Mauricio SangiogoTEL:(55) 96822030 Currículo Lattes: http://lattes.cnpq.br/1098128601727996
From: r-br-request@listas.c3sl.ufpr.br Subject: Digest R-br, volume 67, assunto 13 To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br Date: Sat, 16 Jul 2016 12:00:01 -0300
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Quando responder, por favor edite sua linha Assunto assim ela será mais específica que "Re: Contents of R-br digest..."
Tópicos de Hoje:
1. Re: RES: RES: [Dúvida] Microsoft R Open (Benilton Carvalho) 2. Re: RES: RES: [Dúvida] Microsoft R Open (Leonard Assis)
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Message: 1 Date: Sat, 16 Jul 2016 01:37:50 +0000 From: Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> To: Cristofer Weber <cristofer.weber@neogrid.com> Cc: a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> Subject: Re: [R-br] RES: RES: [Dúvida] Microsoft R Open Message-ID: <CAO-arWMpQdDSEFBqto=MEKh2OC7bjux2w+k=BitobjFLHLdA_w@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Então tire a parte "foreach/do*".
On Fri, Jul 15, 2016 at 10:36 PM Cristofer Weber < cristofer.weber@neogrid.com> wrote:
Desculpe, eu me referia ao R Open em relação ao CRAN R. Você listou packages muito importantes como foreach, que foi um diferencial para ganho de desempenho em ambiente multicore, mas ela funciona também com o CRAN R. As demais eu posso estar enganado, mas a meu ver são comerciais e proprietárias, não fazem parte do R Open.
Sent from my iPhone
On 15 de jul de 2016, at 22:30, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> wrote:
Reescrita de códigos-base; ScaleR; integração com Azure; integração com SQL Server; Azure ML; Azure HDInsight; suporte Teradata e Hadoop; em cima de tudo isso, vem MKL e todas as coisinhas *a la *foreach/do* da época da Revolution R.
Obviamente, vc pode gastar todo um tempo pra configurar e ajustar o funcionamento similar usando o "R padrão", mas no corporativo vc não tem habitualmente esse tipo de disponibilidade.
On Fri, Jul 15, 2016 at 1:07 PM Cristofer Weber via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Benilton, você pode nos apontar quais outras melhoras existem no Revolution R / Microsoft R além das já discutidas? Essa é uma das principais questões dessa thread, e tua contribuição ajudará bastante!
[]’s
Cristofer
*De:* Benilton Carvalho [mailto:beniltoncarvalho@gmail.com] *Enviada em:* Friday, July 15, 2016 12:56 *Para:* Cristofer Weber <cristofer.weber@neogrid.com>; a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> *Assunto:* Re: [R-br] RES: [Dúvida] Microsoft R Open
FYI: o MRO é o Revolutions R e, sim, eles estão dispostos a cooperar. A melhora não é apenas via MKL.
On Thu, Jul 14, 2016 at 6:19 PM Cristofer Weber via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Esclarecendo a questão da licença da lib MKL:
https://software.intel.com/en-us/articles/free-mkl
“The Intel® Math Kernel Library (Intel® MKL), <https://software.intel.com/en-us/intel-mkl> the high performance math library for x86 and x86-64, is available, on Windows*, Linux*, or OS X* for free for everyone (click here now to register and download <https://registrationcenter.intel.com/en/forms/?productid=2558>). Purchasing is only necessary if you want access to Intel® Premier Support (direct 1:1 private support from Intel), older versions of the library or access to other tools in Intel® <https://software.intel.com/en-us/intel-mkl>Parallel Studio XE. <https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe> Intel continues to actively develop and support this very powerful library - and everyone can benefit from that!”
Não há restrição para uso comercial. O licenciamento só é necessário se você quiser suporte.
O R Open (antigo Revolution, agora MS) é uma distribuição do CRAN R Open Source pré-compilado para uso da MKL e configurado para outro repositório do CRAN gerenciado pela MS, com versões estáticas dos pacotes. É a MS quem escolhe a versão de cada pacote neste repositório. O repositório fica vinculado à versão do R Open, ou seja, você só terá acesso a versões mais recentes dos pacotes quando atualizar a versão do R Open ( https://mran.revolutionanalytics.com/rro/#repos).
Outra diferença mais sutil é que o R Open já traz consigo alguns pacotes a mais que o CRAN R (https://mran.revolutionanalytics.com/rro/installed/)
Utilizamos o R Open desde os tempos da Revolution. As operações matriciais da MKL são mais eficientes mesmo em modo single-thread. Tenha em mente que tanto single-thread quanto multithread você só terá benefício onde as primitivas de álgebra matricial forem aplicadas. Não há melhoria no desempenho da linguagem em si, que é bastante limitado devido ao modelo de memória baseado em listas encadeadas, Garbage Collector deficiente e passagem de parâmetros por cópia, entre outros.
Sobre a performance da linguagem, a Tibco possui uma versão proprietária mais eficiente (eles compraram o S-Plus, versão comercial da linguagem S, “pai” do R) e a Oracle também mantém uma versão proprietária (a qual ainda não avaliei).
Além disso, a Oracle está trabalhando numa implementação chamada FastR ( https://github.com/graalvm/fastr), compatível com o CRAN R mas compilada para a JVM (Java Virtual Machine), com otimizações em tempo de compilação e por tabela com todas as otimizações da JVM para uso eficiente de arquiteturas de computadores modernas. Conversei com alguns dos envolvidos no projeto e eles reportam cobertura de 80% da versão 3.2.X do R sendo que as pendências estão na interoperabilidade com processos nativos (principalmente a integração com código C). Além do mais, será necessário recompilar todas as bibliotecas do CRAN a partir dos fontes. Mas é um projeto bastante promissor para quem espera maior desempenho na execução de programas escritos em R.
[]’s
Cristofer
*De:* R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] *Em nome de *Leonardo Fontenelle via R-br *Enviada em:* Tuesday, July 12, 2016 14:28 *Para:* r-br@listas.c3sl.ufpr.br *Assunto:* Re: [R-br] [Dúvida] Microsoft R Open
Se a questão for apenas a biblioteca MKL da Intel, isso é possível sem o cliente R da Microsoft. Detalhe que, para usar a biblioteca MKL, é necessário adquirir uma licença. Não entendi muito bem qual é a restrição, mas existe uma licença comunitária gratuita.
No caso específico do Arch Linux, é possível usar o pacote r-mkl do AUR. Ao compilar o mkl, é melhor não usar o yaourt, e sim baixar o PKGBUILD direto do AUR e rodar o makepkg à mão.
Imagino que, a longo prazo, a estratégia da Microsoft seja expandir a base de usuários para que isso estimule as empresas a trabalhar com o servidor R a Microsoft.
Abraços,
Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
Em Ter 12 jul. 2016, às 14:13, Pedro Rafael via R-br escreveu:
Caros, como todos nós sabemos, a Microsoft está com o projeto Microsoft R Open que promete melhorar a versão de R disponibilizada no site do CRAN. Como padrão é utilizado a biblioteca MKL ao invés da OpenBLAS o que proporciona algumas melhorias a depender dos hardwares.
Sinceramente eu ainda não testei e li muito por cima sobre esse projeto, isto é, não tive ainda tempo de fazer benchmark para comparar.
Alguém de vocês já fizeram testes e teve algum tipo de experiência positiva ou negativa sobre o assunto que poderiam compartilhar aqui? Eu atualmente uso Arch Linux e tenho uma certa restrição à produtos da Microsoft. Porém, se de fato a empresa se propõe a melhorar massivamente a performance da linguagem, talvez seja algo muito interessante uma vez que existem novas linguagens dinâmicas surgindo e atendendo muito bem esses requisitos.
Saudações,
Pedro Rafael.
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Esta mensagem pode conter informação confidencial ou privilegiada, sendo seu sigilo protegido por lei. Se você não for o destinatário ou a pessoa autorizada a receber esta mensagem, não pode usar, copiar ou divulgar as informações nela contidas ou tomar qualquer ação baseada nessas informações. Se você recebeu esta mensagem por engano, por favor, avise imediatamente ao remetente, respondendo o e-mail e em seguida apague-a. Agradecemos sua cooperação.
-------------- Próxima Parte ---------- Um anexo em HTML foi limpo... URL: <http://listas.inf.ufpr.br/pipermail/r-br/attachments/20160716/53687a78/attachment-0001.html>
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Message: 2 Date: Fri, 15 Jul 2016 23:19:30 -0300 From: Leonard Assis <assis.leonard@gmail.com> To: r-br@listas.c3sl.ufpr.br, Benilton Carvalho <beniltoncarvalho@gmail.com> Subject: Re: [R-br] RES: RES: [Dúvida] Microsoft R Open Message-ID: <CAEG0FK-mTf0oUSQMFgr5DX-TdKEVX4t1eeL5FsiFTN-Kq7PCxg@mail.gmail.com> Content-Type: text/plain; charset="utf-8"
Sem o mkl, única vantagem é o mran. Com o mkl, muita coisa executa muito mais rápido sem mexer no código.
Em 15 de jul de 2016 9:38 PM, "Benilton Carvalho via R-br" < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu:
Então tire a parte "foreach/do*".
On Fri, Jul 15, 2016 at 10:36 PM Cristofer Weber < cristofer.weber@neogrid.com> wrote:
Desculpe, eu me referia ao R Open em relação ao CRAN R. Você listou packages muito importantes como foreach, que foi um diferencial para ganho de desempenho em ambiente multicore, mas ela funciona também com o CRAN R. As demais eu posso estar enganado, mas a meu ver são comerciais e proprietárias, não fazem parte do R Open.
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On 15 de jul de 2016, at 22:30, Benilton Carvalho < beniltoncarvalho@gmail.com> wrote:
Reescrita de códigos-base; ScaleR; integração com Azure; integração com SQL Server; Azure ML; Azure HDInsight; suporte Teradata e Hadoop; em cima de tudo isso, vem MKL e todas as coisinhas *a la *foreach/do* da época da Revolution R.
Obviamente, vc pode gastar todo um tempo pra configurar e ajustar o funcionamento similar usando o "R padrão", mas no corporativo vc não tem habitualmente esse tipo de disponibilidade.
On Fri, Jul 15, 2016 at 1:07 PM Cristofer Weber via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Benilton, você pode nos apontar quais outras melhoras existem no Revolution R / Microsoft R além das já discutidas? Essa é uma das principais questões dessa thread, e tua contribuição ajudará bastante!
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Cristofer
*De:* Benilton Carvalho [mailto:beniltoncarvalho@gmail.com] *Enviada em:* Friday, July 15, 2016 12:56 *Para:* Cristofer Weber <cristofer.weber@neogrid.com>; a lista Brasileira oficial de discussão do programa R. <r-br@listas.c3sl.ufpr.br
*Assunto:* Re: [R-br] RES: [Dúvida] Microsoft R Open
FYI: o MRO é o Revolutions R e, sim, eles estão dispostos a cooperar. A melhora não é apenas via MKL.
On Thu, Jul 14, 2016 at 6:19 PM Cristofer Weber via R-br < r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Esclarecendo a questão da licença da lib MKL:
https://software.intel.com/en-us/articles/free-mkl
“The Intel® Math Kernel Library (Intel® MKL), <https://software.intel.com/en-us/intel-mkl> the high performance math library for x86 and x86-64, is available, on Windows*, Linux*, or OS X* for free for everyone (click here now to register and download <https://registrationcenter.intel.com/en/forms/?productid=2558>). Purchasing is only necessary if you want access to Intel® Premier Support (direct 1:1 private support from Intel), older versions of the library or access to other tools in Intel® <https://software.intel.com/en-us/intel-mkl>Parallel Studio XE. <https://software.intel.com/en-us/intel-parallel-studio-xe> Intel continues to actively develop and support this very powerful library - and everyone can benefit from that!”
Não há restrição para uso comercial. O licenciamento só é necessário se você quiser suporte.
O R Open (antigo Revolution, agora MS) é uma distribuição do CRAN R Open Source pré-compilado para uso da MKL e configurado para outro repositório do CRAN gerenciado pela MS, com versões estáticas dos pacotes. É a MS quem escolhe a versão de cada pacote neste repositório. O repositório fica vinculado à versão do R Open, ou seja, você só terá acesso a versões mais recentes dos pacotes quando atualizar a versão do R Open ( https://mran.revolutionanalytics.com/rro/#repos).
Outra diferença mais sutil é que o R Open já traz consigo alguns pacotes a mais que o CRAN R (https://mran.revolutionanalytics.com/rro/installed/)
Utilizamos o R Open desde os tempos da Revolution. As operações matriciais da MKL são mais eficientes mesmo em modo single-thread. Tenha em mente que tanto single-thread quanto multithread você só terá benefício onde as primitivas de álgebra matricial forem aplicadas. Não há melhoria no desempenho da linguagem em si, que é bastante limitado devido ao modelo de memória baseado em listas encadeadas, Garbage Collector deficiente e passagem de parâmetros por cópia, entre outros.
Sobre a performance da linguagem, a Tibco possui uma versão proprietária mais eficiente (eles compraram o S-Plus, versão comercial da linguagem S, “pai” do R) e a Oracle também mantém uma versão proprietária (a qual ainda não avaliei).
Além disso, a Oracle está trabalhando numa implementação chamada FastR ( https://github.com/graalvm/fastr), compatível com o CRAN R mas compilada para a JVM (Java Virtual Machine), com otimizações em tempo de compilação e por tabela com todas as otimizações da JVM para uso eficiente de arquiteturas de computadores modernas. Conversei com alguns dos envolvidos no projeto e eles reportam cobertura de 80% da versão 3.2.X do R sendo que as pendências estão na interoperabilidade com processos nativos (principalmente a integração com código C). Além do mais, será necessário recompilar todas as bibliotecas do CRAN a partir dos fontes. Mas é um projeto bastante promissor para quem espera maior desempenho na execução de programas escritos em R.
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Cristofer
*De:* R-br [mailto:r-br-bounces@listas.c3sl.ufpr.br] *Em nome de *Leonardo Fontenelle via R-br *Enviada em:* Tuesday, July 12, 2016 14:28 *Para:* r-br@listas.c3sl.ufpr.br *Assunto:* Re: [R-br] [Dúvida] Microsoft R Open
Se a questão for apenas a biblioteca MKL da Intel, isso é possível sem o cliente R da Microsoft. Detalhe que, para usar a biblioteca MKL, é necessário adquirir uma licença. Não entendi muito bem qual é a restrição, mas existe uma licença comunitária gratuita.
No caso específico do Arch Linux, é possível usar o pacote r-mkl do AUR. Ao compilar o mkl, é melhor não usar o yaourt, e sim baixar o PKGBUILD direto do AUR e rodar o makepkg à mão.
Imagino que, a longo prazo, a estratégia da Microsoft seja expandir a base de usuários para que isso estimule as empresas a trabalhar com o servidor R a Microsoft.
Abraços,
Leonardo Ferreira Fontenelle <http://lattes.cnpq.br/9234772336296638>
Em Ter 12 jul. 2016, às 14:13, Pedro Rafael via R-br escreveu:
Caros, como todos nós sabemos, a Microsoft está com o projeto Microsoft R Open que promete melhorar a versão de R disponibilizada no site do CRAN. Como padrão é utilizado a biblioteca MKL ao invés da OpenBLAS o que proporciona algumas melhorias a depender dos hardwares.
Sinceramente eu ainda não testei e li muito por cima sobre esse projeto, isto é, não tive ainda tempo de fazer benchmark para comparar.
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