Vinicius,

Tudo depende do delineamento e número/arranjo de fatores, do tipo qualitativo/quantitativo e fixo/aleatório, da intensidade do desbalanceamento (perda de repetição/casela), das hipóteses de interesse (todas comparações, contrastes planejados, predição), do método de estimação. O guia de postagem adverte, forneça um CMR para seu caso. Consulte o http://www.leg.ufpr.br/doku.php/ridiculas, tem alguns casos já resolvidos lá.

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
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