Existem diversas possibilidades. Eu julgo que a mais fácil para o iniciante seja usar o RStudio. Ele trabalha com arquivos Rmd e já tem um botão de atalho para gerar o html. Na minha última experiência, em 30 minutos tive a façanha de fazer 3 alunas de pós graduação que usam windows partirem do zero e reproduzirem uma análise Latex+knitr e Markdown+knitr. Tiveram que instalar o Miktex (distribuição latex para windows) e knitr (pacote R). O RStudio elas já usavam para editar script. (se fossem 3 homens acho que tinha feito em 10 minutos, brincadeira, auahuahuahau.) Baixaram o arquivo template do github do Fernando Mayer (
https://github.com/fernandomayer/knitr-rautu/blob/master/knitr-template.Rnw), trocaram a codificação de caracteres, clicaram em "gerar pdf" e foi. Quase nem acreditei. Para markdown foi semelhante e feito a partir do arquivo em
https://gist.github.com/jeromyanglim/2716336. Depois vale a pena apresentar outros editores para eles optarem (tinn-r, emacs+ess, gedit+r plugin, ...).
À disposição.
Walmes.