
6 Fev
2013
6 Fev
'13
12:31
Renata, CMR é a abrevição de Código Mínimo Reproduzível, veja no rodapé das mensagem da lista um link com um guia de postagens! Lá você verá como reportar uma dúvida para a lista em que as pessoas possam de ajudar de modo mais apropriado! Continuando no seu problema, se você inspecionar essa lista verá que esses nomes row1, row2 e etc aparecem em algumas posições! Não entendo muito da lógica desse seu plot, mas ele com certeza coleta informações dessa lista e usa para os gráficos... att, FH 2013/2/6 Renata Carvalho <renataecology@gmail.com> > Ei FH, desculpe mas sou nova na R-br, oq é CMR? Não entendi muito bem sua > sugestão, são 180 linhas na matriz. Na verdade o que me interessa são os > sites que se chamam CODE na minha tabela. São 4 CODES e gostaria de que > fossem plotados como símbolos. O resultado do str(vare.cca) segue abaixo. > Renata > > > > > str(vare.cca) > List of 12 > $ call : language cca(formula = Y ~ Scale + CODE + AWMSI + NumP + > dIICM1 + CA, data = dados) > $ grand.total: int 14250 > $ rowsum : Named num [1:180] 0.01284 0.01221 0.00428 0.00182 0.00295 > ... > ..- attr(*, "names")= chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > $ colsum : Named num [1:4] 0.0109 0.0147 0.0923 0.8821 > ..- attr(*, "names")= chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" > $ tot.chi : num 0.0335 > $ pCCA : NULL > $ CCA :List of 15 > ..$ eig : Named num [1:3] 0.014421 0.001308 0.000155 > .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > ..$ u : num [1:180, 1:3] -0.841 -0.735 0.384 0.311 0.395 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > ..$ v : num [1:4, 1:3] -3.6741 -5.2473 2.1821 -0.0953 -3.3397 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" > .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > ..$ u.eig : num [1:180, 1:3] -0.1009 -0.0883 0.0461 0.0374 0.0474 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > ..$ v.eig : num [1:4, 1:3] -0.4412 -0.6301 0.262 -0.0114 -0.1208 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" > .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > ..$ wa.eig : num [1:180, 1:3] -0.00198 -0.02677 -0.05176 0.25506 > 0.02216 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > ..$ wa : num [1:180, 1:3] -0.0165 -0.2229 -0.4311 2.124 0.1845 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > ..$ biplot : num [1:8, 1:3] 2.71e-18 2.64e-01 3.99e-01 5.34e-01 > 5.38e-01 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ... > .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > ..$ rank : int 3 > ..$ qrank : int 8 > ..$ tot.chi : num 0.0159 > ..$ QR :List of 4 > .. ..$ qr : num [1:180, 1:8] 282.8427 0.1563 0.0925 0.0604 0.0768 ... > .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. .. ..$ : chr [1:180] "1" "2" "3" "4" ... > .. .. .. ..$ : chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ... > .. ..$ rank : int 8 > .. ..$ qraux: num [1:8] 1.16 1.05 1 1 1.03 ... > .. ..$ pivot: int [1:8] 1 2 3 4 5 6 7 8 > .. ..- attr(*, "class")= chr "qr" > ..$ envcentre: Named num [1:8] 600 0.199 0.067 0.235 2.57 ... > .. ..- attr(*, "names")= chr [1:8] "Scale" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" ... > ..$ Xbar : num [1:180, 1:4] 0.00599 0.00674 0.00346 -0.00445 0.00673 > ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" > ..$ centroids: num [1:4, 1:3] -0.919 0.609 1.589 0.983 0.34 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:4] "CODECB" "CODECO" "CODECP" "CODEFR" > .. .. ..$ : chr [1:3] "CCA1" "CCA2" "CCA3" > $ CA :List of 8 > ..$ eig : Named num [1:3] 0.011644 0.005342 0.000656 > .. ..- attr(*, "names")= chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" > ..$ u : num [1:180, 1:3] 0.997 0.862 -0.981 1.943 0.23 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" > ..$ v : num [1:4, 1:3] -3.122 -3.472 2.725 -0.189 6.056 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" > .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" > ..$ u.eig : num [1:180, 1:3] 0.1075 0.093 -0.1058 0.2096 0.0248 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" > ..$ v.eig : num [1:4, 1:3] -0.3369 -0.3747 0.294 -0.0203 0.4426 ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" > .. .. ..$ : chr [1:3] "CA1" "CA2" "CA3" > ..$ rank : int 3 > ..$ tot.chi: num 0.0176 > ..$ Xbar : num [1:180, 1:4] 0.00201 0.00393 0.00269 -0.00524 0.00615 > ... > .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. ..$ : chr [1:180] "row1" "row2" "row3" "row4" ... > .. .. ..$ : chr [1:4] "ricFlor" "abFlor" "ricGen" "abGen" > $ method : chr "cca" > $ inertia : chr "mean squared contingency coefficient" > $ terms :Classes 'terms', 'formula' length 3 Y ~ Scale + CODE + > AWMSI + NumP + dIICM1 + CA > .. ..- attr(*, "variables")= language list(Y, Scale, CODE, AWMSI, NumP, > dIICM1, CA) > .. ..- attr(*, "factors")= int [1:7, 1:6] 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 ... > .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. .. ..$ : chr [1:7] "Y" "Scale" "CODE" "AWMSI" ... > .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... > .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" > ... > .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1 > .. ..- attr(*, "intercept")= int 1 > .. ..- attr(*, "response")= int 1 > .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv> > $ terminfo :List of 3 > ..$ terms :Classes 'terms', 'formula' length 2 ~Scale + CODE + AWMSI + > NumP + dIICM1 + CA > .. .. ..- attr(*, "variables")= language list(Scale, CODE, AWMSI, NumP, > dIICM1, CA) > .. .. ..- attr(*, "factors")= int [1:6, 1:6] 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 ... > .. .. .. ..- attr(*, "dimnames")=List of 2 > .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... > .. .. .. .. ..$ : chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... > .. .. ..- attr(*, "term.labels")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" > "NumP" ... > .. .. ..- attr(*, "order")= int [1:6] 1 1 1 1 1 1 > .. .. ..- attr(*, "intercept")= int 1 > .. .. ..- attr(*, "response")= num 0 > .. .. ..- attr(*, ".Environment")=<environment: R_GlobalEnv> > ..$ xlev :List of 1 > .. ..$ CODE: chr [1:4] "CB" "CO" "CP" "FR" > ..$ ordered: Named logi [1:6] FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE FALSE > .. ..- attr(*, "names")= chr [1:6] "Scale" "CODE" "AWMSI" "NumP" ... > - attr(*, "class")= chr "cca" > > 2013/2/6 FHRB Toledo <fernandohtoledo@gmail.com> > >> Veja o resultado de >> >> > str(vare.cca) >> >> Provavelmente é uma lista... aí você observa nessa lista, se tem alguma >> posicao que se chama sites, dentro dessa posição deve haver uma matriz, >> cujos nomes das linhas devem ser esses aí (row1, row2, row3, ...) >> >> Aí é só você mudar o nome das linhas dessa matriz e boa! >> >> Reportenos seus resultados! >> >> Lembrando que esse é apenas um chute, bem alto por sinal, afinal você não >> nos forneceu um CMR! >> >> att, >> FH >> >> 2013/2/6 Renata Carvalho <renataecology@gmail.com> >> >>> Bom dia, estou tentando fazer um plot de CCA mas não consigo colocar >>> símbolos como referência aos sites. O R renomeou cada site para row1, row2, >>> row3, Fui orientada a transformar cada site em número para depois atribuir >>> os símbolos mas não estou conseguindo. Até agora tenho utilizado estes >>> scripts: >>> >>> as.numeric (dados$CODE) >>> >>> plot(vare.cca, type="n") >>> >>> text(vare.cca, dis="cn") >>> >>> text(vare.cca, display = "sites", col="blue", cex=0.5) # aqui os sites >>> aparecem no plot mas com o nome de row1, row2... >>> >>> Alguém sabe como posso fazer isso? >>> >>> obrigada >>> >>> Renata >>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> >> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> > > > _______________________________________________ > R-br mailing list > R-br@listas.c3sl.ufpr.br > https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br > Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça > código mínimo reproduzível. >