Edson, boa tarde!
Não sei se entendi direito, mas acredito que alguma das opções abaixo irá servir...
### <code r>
### <adicionar ao script original>
teste$comp <- as.integer(teste$comp)
str(teste$comp)
# int [1:6] 1 1 NA 1 1 1
with(teste, table(ano, comp))
with(teste, table(paste(ano, NUMEROBOLSA), comp))
with(teste, xtabs(comp~ano+NUMEROBOLSA))
with(teste, xtabs(comp~ano))
### </code>