Leonardo, bom dia!

Não tive problemas aqui, embora tenho feito uns ajustes no código. Depois de gerar a URL, experimente utilizar browseURL(url). Se abrir no seu navegador deve funcionar com download.file() também. Também seria possível usar read.table() direto, mas para volumes maiores, sugiro fazer o download primeiro.

### <code r>
urlBase  = 'http://power.larc.nasa.gov/cgi-bin/cgiwrap/solar/agro.cgi'
lat   = -22
lon   = -54
ys    = 2000  # ano inicial
ye    = 2013  # ano final
email =  "agroclim@larc.nasa.gov"

url <- paste0(urlBase, '?email=', email, '&step=1&lat=', lat, '&lon=', lon, '&ms=1&ds=1&ys=', ys, '&me=12&de=31&ye=', ye, '&p=toa_dwn&p=swv_dwn&p=lwv_dwn&p=T2M&p=T2MN&p=T2MX&p=RH2M&p=DFP2M&p=RAIN&p=WS10M&submit=Submit')

#browseURL(url)
download.file(url, "data.txt", mode = "wb")

# trying URL 'http://power.larc.nasa.gov/cgi-bin/cgiwrap/solar/agro.cgi?email=agroclim@larc.nasa.gov&step=1&lat=-22&lon=-54&ms=1&ds=1&ys=2000&me=12&de=31&ye=2013&p=toa_dwn&p=swv_dwn&p=lwv_dwn&p=T2M&p=T2MN&p=T2MX&p=RH2M&p=DFP2M&p=RAIN&p=WS10M&submit=Submit'
# Content type 'text/plain' length unknown
# opened URL
# downloaded 445 Kb

### </code>

Éder Comunello <comunello.eder@gmail.com>
Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]