Leonardo, bom dia!
Não tive problemas aqui, embora tenho feito uns ajustes no código. Depois de gerar a URL, experimente utilizar browseURL(url). Se abrir no seu navegador deve funcionar com download.file() também. Também seria possível usar read.table() direto, mas para volumes maiores, sugiro fazer o download primeiro.
### <code r>
lat = -22
lon = -54
ys = 2000 # ano inicial
ye = 2013 # ano final
url <- paste0(urlBase, '?email=', email, '&step=1&lat=', lat, '&lon=', lon, '&ms=1&ds=1&ys=', ys, '&me=12&de=31&ye=', ye, '&p=toa_dwn&p=swv_dwn&p=lwv_dwn&p=T2M&p=T2MN&p=T2MX&p=RH2M&p=DFP2M&p=RAIN&p=WS10M&submit=Submit')
#browseURL(url)
download.file(url, "data.txt", mode = "wb")
# Content type 'text/plain' length unknown
# opened URL
# downloaded 445 Kb
### </code>