Para ter esses efeitos você tem que usar o contraste tipo polinomial para o seu fator. Tem diversas formas de fazer isso. Como você não deu um CMR eu tô mandando um com lm() mesmo.

x <- factor(rep(1:4,3))

y <- rnorm(x)

# convertendo dentro

m0 <- lm(y~x, contrast=list(x=contr.poly))

coef(m0)

m0 <- lm(y~x)

coef(m0)

# convertendo fora

contrasts(x) <- contr.poly(nlevels(x))

m0 <- lm(y~x)

coef(m0)

Lembrando que usar polinômios ortogonais só tem sentido para **níveis igualmente espaçados** do fator. Porque eles são/eram úteis? Porque a matriz X'X fica ortogonal e dessa forma você faz inferência para um efeito marginal aos demais (embora não faça o mínimo de sentido julgar o termo linear depois do quadrático etc). Na minha opinião os testes de hipótese sequênciais são mais apropriados e não dependem dessa condição restritiva de níveis igualmente espaçados.

À disposição.

Walmes.