Sérgio, boa noite!
A conversão de 'polylist' pra 'SPolygonsDF' é plenamente possível e considero a melhor estratégia. No entanto será necessário estudar o modelo das classes pra poder compatibilizá-las. Um ponto que já pude perceber é que o objeto 'polylist' gerado no exemplo inicial (readMap.R) tem algumas diferenças do que encontrei como esperado para um objeto 'polylist' padrão. Tem também a questão do tratamento de polígonos múltiplos, contendo ilhas (ou holes) e outras coisas mais.
Um objeto 'polylist' padrão seria convertido facilmente utilizando algo como:
require(sp)
poly <- sapply(mapa, function(x) Polygon(as.data.frame(x))
polygons.sp<-SpatialPolygons(poly,1:length(poly))
Mas isso não está sendo possível por inconsistências do formato 'polylist'.
A questão é que precisaria trabalhar na função read.map() pra acertá-la e tornar sua saída mais 'adequada' à conversão em SPolygonsDF, o que poderá render bastante trabalho.
Alternativas:
1) Tentar buscar nos fóruns do R funções ou códigos existentes...
2) Usar arquivos .shp no lugar de .map.. Me parece que boa parte do conteúdo dos arquivos .map pode ser suprido pelos .shp disponibilizados no site do IBGE.
Espero que ajude. Att.,