On 4 Aug 2022, at 21:55, Cesar Rabak por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Algumas sugestões dadas aqui são interessantes, mas a importação dos seus dados indica que tens as linhas 10 e 162 com mesmo nome de gene "AR".

Isso perturba a importação da 1ª coluna como nome de linhas (rownames), tanto se fosse usada o parâmetro row.names=1 na chamada a read.csv() ou se a vírgula inicial da primeira linha do arq CSV fosse retirada...

HTH
On Thu, Aug 4, 2022 at 10:52 AM Michele Claire Breton por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote:
Caríssimos(as) utilizadores(as) do R,

Estou em outro nível de problema.
Quero converter FPKM em log2CPM. Para tanto, fiz o seguinte:

dados<-read.csv("/home/Genes interesse NePCa.csv")
head(dados)
class(dados)

[1] "data.frame"

geneLength <- rowMeans(dados)
Error in rowMeans(dados) : 'x' must be numeric
dadoslog2cpm <- convertCounts(dados,
unit = "cpm",
log = TRUE,
normalize = "tmm")
Error: countsMatrix must be a numeric matrix or dataframe of N genes x M Samples. All columns must be numeric.
Não entendo o que possa estar errado. A tabela de dados está em anexo. Vocês podem me ajudar, por favor?

Obrigada,

Michele
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Dra. Michele Claire Breton
Researcher in Bioinformatics
PhD in Cellular and Molecular Biology
CICS - Health Sciences Research Center
Faculty of Health Sciences
University of Beira Interior
Covilhã - Castelo Branco - Portugal
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Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça código mínimo reproduzível.
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