Carla,

Você esqueceu de atribuir a algum objeto o resultado do var.test() que usa na pergunta lógica. Contruí uma função (super simples por sinal) na disciplina de Estatística Computacional que faz justamente o procedimento que você apresentou. Confira em http://www.leg.ufpr.br/doku.php/disciplinas:ce223-2011-01 o script da aula15.R a função auto.t.test().

# meus dados simulados milsa
milsa <- data.frame(instrucao=gl(2,14))
milsa$salario <- rnorm(nrow(milsa))
str(milsa)
var.test <- var.test(milsa$salario~milsa$instrucao) # aqui ó <---------------- 
alpha <- 0.05 # especifica valor da signific^ancia
if(var.test$p.value > alpha){
  diff.test <- t.test(milsa$salario ~ milsa$instrucao,
                      alternative="two.sided", var.equal=TRUE,
                      conf.level=1-alpha)
 } else {
   diff.test <- t.test(milsa$salario ~ milsa$instrucao,
                       alternative="two.sided", var.equal=FALSE,
                       conf.level=1-alpha)
 }
diff.test

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
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