É só acomodar esses casos assim

fa1=sapply(separado1,
          function(i){
            n=length(i)
            if(n>2) return(c(i[1], paste(i[2:(n-1)],collapse=" "), i[n]))
            if(n==2) return(c(i[1], NA, i[n]))
            if(n==1) return(c(i[1], NA, NA))
          })

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
fone: (+55) 41 3361 3573
VoIP: (3361 3600) 1053 1173
e-mail: walmes@ufpr.br
skype: walmeszeviani
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