O colchetes é um operador reservado do R para acessar índices, ou seja, fazer seleção nos objetos do R. x[1], y[2:4], X[2,3:8], L[[5]], m0[["residuals"]]. Nas linguagens de programação em geral não se usa os operadores (, [ e { como aprendemos na matemática para separar/priorizar as operações. No R apenas os parenteses devem ser usados em operações matemáticas, colchetes são para índices e chaves para blocos de código ou dentro da expression(), dentro outras excessões. Por exemplo, cada um deles ainda tem um significado reservado quando o assunto é expressão regular.

À disposição.
Walmes.