Cara quando eu executo vários arquivos faço o seguinte 


a<-dir("diretório dos seus arquivos") # aqui cria um vetor com as strings dos diretórios (nome dos arquivos no seu caso)

tabela<-matrix(NA,2,2)
resultados<-tabela

s=0

e para dar nome para eles do jeito que vc está querendo e criar a variável vc pode pegar o nome 

while(s< length(a)){
s=1+s                                                               # conta +1 na leitura do arquivo
nome_do_arquivo<-substr(a[s],0,nchar(a[s])-4)      # retira o nome da variável do nome do arquivo (subtrai o .tif)
arquivo<-raster('lai{ano}{diajuliano}.tif')                #carrega seu tif
multiplicado<-arquivo*0.001                               # multiplica por 0.001
tabela[s,]<-assing(nome_do_arquivo,multiplicado) # atribui o resultado da multiplicação a vaiavel gerada e armazena em uma tabela na linha escolhida lá
}

s=0
f=0

while(f< length(a)){
s=s+1
f=4*s
g=f-3
resultados[s,]<-tabela[c(g:f),]
colnames(resultados)<-cut(seq(ISOdate(2001,1,1),to=ISOdate(2011,12,31),by="month"),"month")
}


deve funcionar
qualquer coisa de uma olhada no que as funções fazem