Para traçar elipse que contenha os pontos você precisa definir melhor. Cleber sugeriu as funções do pacote car para traçar elipses de confiança, seria isso? Mas elipses de confiança seriam apropriadas para um caso de variável aleatória bivariada como uma normal bivariada ou estimadores de mínimos quadrados em problemas de regressão (\beta_0 e \beta_1) por exemplo. Essas coordenadas não se encaixem nessas situações, certo? Existem infinitas elipses que podem ser traçadas para envolver um conjunto de pontos. Talvez você queira algo como a elipse de menor área que contenha um conjunto de pontos. Procure por "draw ellipse over given points". Você pode usar também o convex hull, o poligono convexo que cerce todas as observações. Talvez a partir do convex hull seja mais fácil posicionar a elipse. À disposição. Walmes.