Como sugestão para um código mais enxuto, o objetivo poderia ser atingido com a aplicação da função apply:

> dados <- read.table("data_test.txt", header=T, sep= "\t")
> dados$p_valor <- apply(dados[,2:4], 1, function(linha) prop.test(x=c(linha[1],linha[2]),n=c(linha[3],linha[3]), correct=F)$p.value)
> dados
  AREA   X1   X2     N       p_valor
1    1 1982 9416 11398  0,000000e+00
2    2 6546 4084 10630 5,362948e-250
3    3 3418  667 40850  0,000000e+00
4    4 1503 4408 59110  0,000000e+00
5    5  966  339 30500  6,472911e-69

Ademais, se o OP tiver que resolver problemas dessa natureza com frequência, pode ser que valha a pena examinar alguns pacotes que têm funções para facilitar esse tipo de resumos, como, por exemplo, os pacotes descr e reporttools. 

HTH
--
Cesar Rabak


On Wed, Mar 23, 2016 at 1:46 PM, Daniel Tiezzi <dtiezzi@usp.br> wrote:
Boa tarde Wagner

Supondo que seus dados esteja uma tabela data_test (em anexo)

acho que você pode resolver assim


data<- read.table(“data_test.txt”, header=T, sep= “\t”)

data_df <- as.data.frame(data)

res<- list()

for (i in 1:nrow(data)) {
  y<- prop.test(x = c(data$X1[i], data$X2[i]), n = c(data$N[i], data$N[i]), correct = FALSE)
  x= y$p.value
  res[[paste0(i)]] <- x
}

result <- t(as.data.frame(res))

data_df1 <- cbind(data_df, result)

data_df1


Espero que funcione


daniel



Daniel Tiezzi, MD, PhD
Professor Associado
Departamento de Ginecologia e Obstetrícia
Setor de Mastologia e Oncologia Ginecológica
Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto - USP
Tel.: 16 3602-2488





On Mar 23, 2016, at 3:50 PM, Wagner Tassinari <wtassinari@gmail.com> wrote:

AREA    X1      X2       N       p_valor
1        1982    9416    11398      ?
2        6546    4084    10630      ?
3        3418    667       4085       ?
4        1503    4408      5911       ?
5        966        339       305       ?


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