Uma coisa que me parece ser comum é: A pessoa só irá recorrer a C ou C++ ou o Fortran caso queira melhorar o desempenho computacional visando diminuir o tempo de execução do script R. Isso se dá geralmente quando temos vários FOR aninhados por exemplo. Percebi que o R "sofre" bastante quando temos vários FOR um dentro do outro. Logo posso recorrer ao C para minimizar o tempo o que faz mais sentido talvez usar .C(). O comando .Call() chama algumas funções do R para o programa em C o que talvez possa te dar um custo mais no quesito tempo de execução? Achei mais complicado usar .Call() pois tem várias funções para proteger uma variável PROTECTE bem como vários outros detalhes. Usando .C só temos que prestar atenção nos ponteiros para que não haja maiores problemas.

--
Saudações,