Você pode 1) passar um vetor com números, um fator, ou um vetor com nomes de cores para o argumento col= das funções de plotagem ou 2) você pode usar funções do pacote lattice. Veja a documentação para detalhes. Rode o código da sessão exemplos.

require(lattice)
help(xyplot)

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Walmes Marques Zeviani
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