Augusto, Você deve crias os contrastes de Tukey. Não há função para isso. Você deve criar exatamente da maneira como você quer comparar, ou seja, pelas suas explicações, comparar níveis de B (pairwise) fixando níveis de A. Combinando as funções que o R possui (combn, apply, contrast, multcomp) a tarefa fica simples. da <- expand.grid(A=gl(3,1), B=gl(4,4)) da$y <- rnorm(nrow(da)) require(nlme) m0 <- gls(y~A*B, da) anova(m0) # comparar níveis (pairwise) de B fixando nível de A (contrastes de Tukey) choose(nlevels(da$B), 2) # número de comparações cpr <- combn(nlevels(da$B), 2); cpr # as comparações Blev <- levels(da$B) Alev <- levels(da$A) cpr.names <- paste("B", cpr[1,], "-", "B", cpr[2,], sep="") require(contrast) cpr.list <- lapply(cpr.list, t) cpr.list # matriz de contrastes de Tukey entre B fixando A c0 <- apply(cpr, 2, function(i){ c1 <- contrast(m0, list(A=Alev[1], B=Blev[i[1]]), list(A=Alev[1], B=Blev[i[2]])) c1$X }) colnames(c0) <- paste("A", Alev[1], "/", cpr.names, sep="") c0 require(multcomp) glht(m0, linfct=t(c0)) # repetir para os demais níveis de A À disposição. Walmes. ========================================================================== Walmes Marques Zeviani LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W) Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná fone: (+55) 41 3361 3573 VoIP: (3361 3600) 1053 1173 e-mail: walmes@ufpr.br twitter: @walmeszeviani homepage: http://www.leg.ufpr.br/~walmes linux user number: 531218 ==========================================================================