Olá Ricardos,
há uma série de pacotes capazes de operar shapefiles no R, inclusive os mesmos shp's utilizados pela ESRI.
Segue alguns exemplos: sp, shapefile, raster, rasterVis, splancs, PBSmapping, maptools, maps, e muitos outros.
No link a seguir há toda uma discussão sobre dados espaciais no R, e com certeza, com um tempo dedicado há uma
boa pesquisa no google você verá inumeros exemplos de inserções de dados, análises e manipulações de dados espaciais com o R.
Segue o link: http://r-spatial.sourceforge.net/.
Cordialmente,
RS