Éder,

Se você quer obter essa matriz saturada, então é só remover os interceptos de cada porção e parear as matrizes (como o Benilton sugeriu), ó

terms <- c(~-1+BLOCO, ~-1+CLONE, ~-1+LOCAL:CLONE)
str(terms)
X <- cbind("(Intercept)"=1, do.call(cbind, lapply(terms, model.matrix, data=dados)))

Para extrair a matriz de ajustes da lmer tem use abaixo

fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days|Subject), sleepstudy)
summary(fm1)
model.matrix(fm1) # efeitos fixos, X
str(fm1)
str(fm1@Zt)
t(as.matrix(fm1@Zt)) # efeitos aleatórios, Z

À disposição.
Walmes.

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Walmes Marques Zeviani
LEG (Laboratório de Estatística e Geoinformação, 25.450418 S, 49.231759 W)
Departamento de Estatística - Universidade Federal do Paraná
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