Talvez seja uma boa opção mesmo.....usar  a manova com caráter exploratório e partir para outras técnicas multivariadas.....ou um "fazer um mix" entre multivariada e univariada.

Mas pelo que eu andei lendo a aproximação Bonferroni pode ser utilizada para esse tipo de comparação, mas este tópico de comparação múltipla multivariada tem poucas coisas implementadas nos softwares, mas como o R evolui a cada minuto......