Não sei se resolve no seu caso, mas dê uma olhada na função ordiellipse() do pacote vegan. Ela funciona bem para as ordenações feitas no próprio pacote, mas não sei se é compatível com outras ordenações, como no seu caso. Mas uma possibilidade é fazer a pca pelo vegan também, usando a função rda() com o argumento scale=T.

Abraços

Marcos