Deixe-nos saber se a sugestão do colega Gledson resolveu sua questão. Aproveito para adaptar a solução ao seu script original.
a <- c("4", "9", "1", "1", "4", NA, "9", NA)
table(a, useNA = "ifany")
a.ori <- a ### para manter o conjunto original
a[is.na(a.ori)] <- "7"; table(a); length(a) ### reclassifica NA como "7"
a[is.na(a.ori)] <- "1"; table(a); length(a) ### reclassifica NA como "1" (adiciona) ### </code>