estou postando abaixo um loop com o qual estou trabalhando. É longo, mas se vocês olharem para as linhas finais, verão que estou querendo fazer um plot com os resultados. Mas fazendo dessa maneira, enquanto o loop corre, o R vai produzindo um gráfico com só um ponto (referente ao cálculo de 1 corrida do loop) e substituindo-o por outro gráfico a cada corrida do loop.
Gostaria de plotar todos os resultados do loop num gráfico só, ou seja, a cada corrida do loop se adicionaria um ponto a um mesmo gráfico.
counter = 1
while (counter <= length(MarkerNames)) {
matObs = as.matrix(ObsMatD[[counter]])
ExpGen = matrix(0, nrow = nrow(matObs), ncol = ncol(matObs), dimnames = list(rownames(matObs), colnames(matObs)))
N = sum(matObs)
for(i in 1:nrow(ExpGen)) {
for(j in i:ncol(ExpGen)) {
if(i==j) {
ExpGen[i, j] = sum(matObs[i, ], matObs[ ,j])^2/(4*N)
}
else if(i!=j) {
ExpGen[i, j] = sum(matObs[i, ], matObs[ ,i])*sum(matObs[j, ], matObs[ ,j])/(2*N)
}
}
}
print(names(ObsMatD[counter]))
popNArm = FrmNA(pop[,counter:(counter + 1)])
Alleles = c(popNArm[,1], popNArm[,2])
AlleleFreq = table(Alleles)/length(Alleles)
Hobs = 1 - sum(diag(matObs))/sum(matObs)
Hexp = 1 - sum(AlleleFreq^2)
Fcoef = (Hexp - Hobs) / Hexp
names(Fcoef) = "F"
print(Fcoef)
NAratio = (1 - nrow(popNArm)/nrow(pop[,counter:(counter + 1)]))
names(NAratio) = "NA ratio"
print(NAratio)
plot(NAratio ~ Fcoef, pch = 19)
counter = counter + 1
}