Giselle, Faltou usar a primeira coluna como row.names.... Já atualizei o código que segue abaixo: ### <BEGIN> ### browseURL(' http://cran.r-project.org/web/packages/rrBLUP/vignettes/GS_tutorial.pdf') ### setwd("C:/LAB/Tmp"); getwd() dURL <- " https://www.crops.org/publications/tpg/supplements/5/tpg12-06-0006-dataset-s... " gzFile <- strsplit(dURL, "/")[[1]][8]; gzFile ### fazendo o download download.file(dURL, gzFile, mode='wb') ### downloaded 4.3 Mb ### uma vez baixados, os arquivos comprimidos com bzip2, xvz, ou gzip podem ### ser lidos diretamente com read.table() GBS <- read.table(gzFile, sep=',', header=T, stringsAsFactors=F, row.names=1) dim(GBS) ### [1] 41371 257 parse.GBS <- function(x) { unique.x <- unique(x) alleles <- setdiff(unique.x,union("H","N")) y <- rep(0,length(x)) y[which(x==alleles[1])] <- -1 y[which(x==alleles[2])] <- 1 y[which(x=="N")] <- NA return(y) } X <- apply(GBS[,-c(1:3)],1,parse.GBS) dim(X) ### [1] 254 41371 frac.missing <- apply(X,2,function(z){length(which(is.na(z)))/length(z)}) length(which(frac.missing<0.5)) ### [1] 16030 hist(frac.missing) ### OK!!! ### <END> Éder Comunello <c <comunello.eder@gmail.com>omunello.eder@gmail.com> Dourados, MS - [22 16.5'S, 54 49'W]