Gostaria de uma ajuda para plotar Principal Components Analysis (PCA) e
clusters juntos.
Possuo dados ambientais de 25 locais espalhados em 5 diferentes
ecossistemas que quando agrupados em 5 clusters, locais de ecossitemas
diferentes se juntam no mesmo grupo. Logo, uma bagunça.
Assim, quero plotar
os 2 juntos (PCA e Clusters) de maneira que, locais pertencentes ao mesmo
ecossistema possuam as mesmas CORES, e locais agrupados no mesmo cluster,
possuam mesma FORMA. Por exemplo:
1 local da Floresta de Araucária e 1 local
da Floresta Decidual (logo com cores diferentes azul e verde respectivamente)
estão no mesmo cluster (logo, representados pela mesma figura, triângulo).
Abaixo segue os comandos que estou usando para fazer minhas combinação, no
entanto. Nesse código, consigo juntar PCA e Cluster. no entanto sem diferenciar
as cores de cada local de acordo com eu
ecossistema.
#PCA
mydata.pca<-rda(mydata)
#Cluster
mydata.w <- hclust(dist(Sqchord.mydata), "ward")
plot(mydata.w, hang=-1)
rect.hclust(mydata.w, 5)
# Cut the dendrogram to yield 5
groups
gr <- cutree(mydata.w, k=5)
grl <- levels(factor(gr))
# Get the site scores, scaling 1
sit.sc1 <- scores(mydata.pca, display="w", scaling=3)
# Plot the sites with cluster symbols and colours (scaling 3)
p <- plot(mydata.pca, display="wa", scaling=3, type="n",
main="Mydata PCA and
clusters")
abline(v=0, lty="dotted")
abline(h=0, lty="dotted")
for (i in 1:length(grl))
{ points(sit.sc1[gr==i,], pch=(14+i), cex=2.5, col=i+1)}
text(sit.sc1, row.names(Pre_euro_veg.1.all), cex=0.7, pos=3)
# Add legend interactively
legend(locator(1), paste("Cluster", c(1:length(grl))),
pch=14+c(1:length(grl)),
col=1+c(1:length(grl)),
pt.cex=2)
Desde já, agradeço por qualquer ajuda.
Jackson M. Rodrigues