Olá Daniel, obrigado pela ajuda!

Sou economista sem estudo formal de algoritmo, daí a chance de fazer cagada é grande. Segue link do código:
https://gist.github.com/roneyfraga/debb242d919d9fdb3412

Quanto ao sort(), eu preciso fazer ele dentro do primeiro loop, pois e feito um para cada ano e/ou data.frame().

Conversando no IRC freenode #R recomendaram eu substituir a ‘append’ pelo ‘outer’, sendo a segunda uma função mais rápida. Vou tentar ir nesse caminho no primeiro momento, caso não tenho sucesso estou pensando em me aventurar na mundo de Julia.

Abraço
Roney