
10 Dez
2021
10 Dez
'21
19:02
Na verdade eu estou fuçando ainda como plot.survfit faz pq não esta escrito em qualquer lugar que eu tenha achado como essa função faz e a summary.survfit retorna o erro padrão. Mas como a duvida era como extrair o cumhaz... achei que poderia postar. Se voce souber como a função plot faz posta aí que eu acerto. Pedro Brasil Em sex., 10 de dez. de 2021 às 13:32, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> escreveu: > Esse cálculo dos limites superiores e inferiores do risco acumulado me > parece estranho.. > > A formulação é baseada em alguma referência? > > > On Fri, Dec 10, 2021 at 1:23 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do > Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: > >> > fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) >> > y <- summary(fit, times = c(14,28,35)) >> > y >> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) >> >> x=Maintained >> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000 >> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999 >> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875 >> >> x=Nonmaintained >> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941 >> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816 >> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664 >> >> > cumhaz.summ <- function(y, digits = 3){ >> + cond <- y$strata == levels(y$strata)[1] >> + y$cumhaz.upper <- pmax(y$cumhaz + 1.96 * y$std.chaz,0) >> + y$cumhaz.lower <- pmax(y$cumhaz - 1.96 * y$std.chaz,0) >> + output <- list() >> + for(i in seq_along(levels(y$strata))){ >> + cond <- y$strata == levels(y$strata)[i] >> + output[[i]] <- round(data.frame(Time = y$time[cond], >> + 'N risk' = y$n.risk[cond], >> + 'N events' = y$n.event[cond], >> + 'Cum Hazard' = y$cumhaz[cond], >> + lower = y$cumhaz.lower[cond], >> + upper = >> y$cumhaz.upper[cond]),digits) >> + } >> + names(output) <- levels(y$strata) >> + output >> + } >> > cumhaz.summ(y) >> $`x=Maintained` >> Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper >> 1 14 8 2 0.191 0.000 0.456 >> 2 28 6 2 0.459 0.002 0.915 >> 3 35 3 2 0.909 0.133 1.685 >> >> $`x=Nonmaintained` >> Time N.risk N.events Cum.Hazard lower upper >> 1 14 7 5 0.492 0.056 0.928 >> 2 28 4 2 0.858 0.187 1.530 >> 3 35 2 2 1.442 0.385 2.499 >> >> > >> >> Em qui., 9 de dez. de 2021 às 10:43, Cid Póvoas por (R-br) < >> r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: >> >>> library(survival) >>> library(broom) >>> library(tidyverse) >>> >>> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>> df<-tidy(fit) >>> df$cumhaz <- fit$cumhaz >>> df %>% filter(time%in%c(9,8,28,33,48)) >>> >>> fit1 <- summary(fit, times = c(14,28,35)) >>> fit1 >>> >>> tab <- data.frame(time = fit1$time, >>> n.risk = fit1$n.risk, >>> n.event = fit1$n.event, >>> survival = fit1$surv, >>> std.err = fit1$std.err, >>> `lower 95% CI` = fit1$lower, >>> `upper 95% CI` = fit1$upper, >>> cumhaz = fit1$cumhaz, >>> strata = fit1$strata) >>> >>> tab >>> >>> *Cid Edson Mendonça Póvoas* >>> >>> *AnovAgro <http://www.anovagro.com/>* >>> *Engenheiro Agrônomo - **Data Scientist* >>> *CREA : 051984991-4* >>> *Técnico em Segurança do Trabalho * >>> *Nº: **0012669/BA* >>> *Tel: +55 73 99151-9565* >>> *Lattes : *http://lattes.cnpq.br/2303498368142537 >>> *LinkedIn :* http://br.linkedin.com/in/cidedson/ >>> *Whatsapp :* https://wa.me/5573991519565 >>> >>> >>> Em qui., 9 de dez. de 2021 às 09:26, Pedro Emmanuel Alvarenga Americano >>> do Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> escreveu: >>> >>>> Ei Cesar, >>>> >>>> Ei sei que o cumhaz esta la. Eu so queria uma saida parecida com a do >>>> survival. Parece que vou ter que montar uma um esquema aqui pegar esses >>>> valores e montar uma tabela de saida. >>>> >>>> Valeu. >>>> >>>> Pedro Emmanuel Brasil >>>> (:)= >>>> >>>> Em qua, 8 de dez de 2021 20:42, Cesar Rabak <cesar.rabak@gmail.com> >>>> escreveu: >>>> >>>>> Isto não é suficiente? >>>>> >>>>> > fit$cumhaz >>>>> [1] 0.09090909 0.19090909 0.31590909 0.45876623 0.45876623 0.65876623 >>>>> [7] 0.90876623 0.90876623 1.40876623 1.40876623 0.16666667 0.36666667 >>>>> [13] 0.49166667 0.49166667 0.65833333 0.85833333 1.10833333 1.44166667 >>>>> [19] 1.94166667 2.94166667 >>>>> > >>>>> HTH >>>>> -- >>>>> Cesar Rabak >>>>> >>>>> On Wed, Dec 8, 2021 at 5:12 PM Pedro Emmanuel Alvarenga Americano do >>>>> Brasil por (R-br) <r-br@listas.c3sl.ufpr.br> wrote: >>>>> >>>>>> Saudações amigos do R, >>>>>> >>>>>> Estou as voltas de estimar taxas de eventos e estou batendo cabeça. >>>>>> Antes de escrever uma função eu mesmo para fazer uma tabela com alguns >>>>>> valores gostaria de uma luz dos amigos de R. >>>>>> >>>>>> O banco aml está no pacote survival então bastaria carregar o pacote >>>>>> pra reproduzir o exemplo. Eu gostaria de ver em formato de tabela alguns >>>>>> momentos específicos da tabela de sobrevivência. Só que o summary.survfit >>>>>> só retorna a sobrevivência e não a taxa cumulativa. >>>>>> >>>>>> library("survival") >>>>>> fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>>>>> > fit >>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>>>>> >>>>>> n events median 0.95LCL 0.95UCL >>>>>> x=Maintained 11 7 31 18 NA >>>>>> x=Nonmaintained 12 11 23 8 NA >>>>>> # Summary com todos os momentos de eventos >>>>>> > summary(fit) >>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>>>>> >>>>>> x=Maintained >>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >>>>>> 9 11 1 0.909 0.0867 0.7541 1.000 >>>>>> 13 10 1 0.818 0.1163 0.6192 1.000 >>>>>> 18 8 1 0.716 0.1397 0.4884 1.000 >>>>>> 23 7 1 0.614 0.1526 0.3769 0.999 >>>>>> 31 5 1 0.491 0.1642 0.2549 0.946 >>>>>> 34 4 1 0.368 0.1627 0.1549 0.875 >>>>>> 48 2 1 0.184 0.1535 0.0359 0.944 >>>>>> >>>>>> x=Nonmaintained >>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >>>>>> 5 12 2 0.8333 0.1076 0.6470 1.000 >>>>>> 8 10 2 0.6667 0.1361 0.4468 0.995 >>>>>> 12 8 1 0.5833 0.1423 0.3616 0.941 >>>>>> 23 6 1 0.4861 0.1481 0.2675 0.883 >>>>>> 27 5 1 0.3889 0.1470 0.1854 0.816 >>>>>> 30 4 1 0.2917 0.1387 0.1148 0.741 >>>>>> 33 3 1 0.1944 0.1219 0.0569 0.664 >>>>>> 43 2 1 0.0972 0.0919 0.0153 0.620 >>>>>> 45 1 1 0.0000 NaN NA NA >>>>>> >>>>>> # Summary com os momentos desejados >>>>>> > summary(fit, times = c(14,28,35)) >>>>>> Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ x, data = aml) >>>>>> >>>>>> x=Maintained >>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >>>>>> 14 8 2 0.818 0.116 0.619 1.000 >>>>>> 28 6 2 0.614 0.153 0.377 0.999 >>>>>> 35 3 2 0.368 0.163 0.155 0.875 >>>>>> >>>>>> x=Nonmaintained >>>>>> time n.risk n.event survival std.err lower 95% CI upper 95% CI >>>>>> 14 7 5 0.583 0.142 0.3616 0.941 >>>>>> 28 4 2 0.389 0.147 0.1854 0.816 >>>>>> 35 2 2 0.194 0.122 0.0569 0.664 >>>>>> >>>>>> > plot(fit) >>>>>> > plot(fit, cumhaz = T) >>>>>> > >>>>>> Reparem que há uma opção para o gráfico cumhaz = T, o que significa >>>>>> que o cumhaz está depositado no objeto, inclusive dentro do summary também. >>>>>> Tipo summary(fit)$cumhaz. Só que não há uma opção summary(fit, cumhaz = T) >>>>>> que retorne o cumhaz ao invés da sobrevivência. Alguém tem algum bizu pra >>>>>> fazer isso organizado, extrair a mesma tabela só que com o cumhaz, como summary(fit, >>>>>> times = c(14,28,35)) sem muito trabalho? >>>>>> >>>>>> Abraço forte, >>>>>> Pedro Brasil >>>>>> _______________________________________________ >>>>>> R-br mailing list >>>>>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>>>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>>>> código mínimo reproduzível. >>>>>> >>>>> _______________________________________________ >>>> R-br mailing list >>>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>>> código mínimo reproduzível. >>>> >>> _______________________________________________ >>> R-br mailing list >>> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >>> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >>> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >>> código mínimo reproduzível. >>> >> _______________________________________________ >> R-br mailing list >> R-br@listas.c3sl.ufpr.br >> https://listas.inf.ufpr.br/cgi-bin/mailman/listinfo/r-br >> Leia o guia de postagem (http://www.leg.ufpr.br/r-br-guia) e forneça >> código mínimo reproduzível. >> >